快递查询
测试调用测试设计Survival生存曲线绘制软件环境微生物多样性软件转录组分析软件转录组软件购买重测序软件环境微生物多样性软件(1)桌面软件ATAC-seqCHIP-seqHi-C测序基因调控OmicsBeanMicrobe Trakr(微生物基因组鉴定分析工具)网页分析系统WEB分析系统澳洲血清 BovineBD科研管KAPAQIAGENThermoFisherMVE液氮罐4titude® 样品管标记系统Hi-C建库试剂盒及基因组组装软件无血清细胞冻存液Cell Freezing Medium纳米流式检测仪lexogen支原体检测试剂盒仪器试剂耗材数据库开发数据中心TCGA生存数据包功能医学报告系统开发PlantArray植物生理组平台特色服务10x Genomics 单细胞测序空间代谢组DSP空间蛋白质组空间多组学类器官基因芯片染色体级别基因组组装Hi-C建库叶绿体、线粒体基因组测序一代测序动植物基因组de novo测序细菌基因组测序真菌基因组测序病毒基因组测序简化基因组遗传图谱测序简化基因组GWAS测序基因组重测序表观组基因分型外显子捕获目标区域捕获简化基因组遗传图谱性状定位扫描图DNA中5-hmC图谱测定全基因组甲基化测序真菌基因组扫描图测序epiGBS-简化甲基化BSA混池测序基因组SSR开发基因组(DNA)UMI-RNAseq转录组测序真核有参转录组测序真核无参转录组测序原核链特异性转录组测序全转录组测序表达谱芯片 降解组circRNA芯片circRNA测序Small RNA测序Lnc RNA测序m6A甲基化测序互作转录组测序UMI-RNAseq转录组(RNA)16S扩增子全长测序Meta-Barcoding(eDNA)技术研究微生物多样性测序宏基因组测序宏基因组Binning分析宏基因组抗性基因测序HiC-Meta宏基因组宏转录组差异表达测序宏病毒组测序环境DNAHiFi-Meta宏基因组微生物组蛋白组代谢组抗体芯片Raybiotech芯片蛋白芯片蛋白芯片Raybiotech芯片OLINK精准蛋白质组学解决方案蛋白质组定量分析蛋白质组定性分析靶向蛋白质组学修饰蛋白质组学非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学蛋白和代谢组GC-MS全代谢组LC-MS全代谢组靶向代谢组脂质组学代谢组学分子生物学CRISPR基因编辑细胞定制细胞株构建iPS构建CRISPR/Cas9DNA甲基化修饰细胞FAQ基因编辑切片图像扫描组织芯片免疫组化微量基因组建库专家病理切片数字存档多色免疫荧光病理形态学数据陪护扩增子时序分析基因突变体克隆动物中心小动物疾病模型构建和检测服务基因编辑小鼠动物实验支原体污染检测服务细胞系遗传背景鉴定细胞系鉴定外泌体全转录组测序外泌体分离与鉴定外泌体专题甲基化焦磷酸测序cfDNA甲基化测序DNA甲基化测序MethylationEPIC BEadChip(850k)甲基化芯片甲基化专题RNA修饰研究专题免疫印迹(Western-blot)技术服务定量Western检测Simoa单分子免疫分析qPCRCNVSNPPGM测序PCR array数字PCR精准检测ATAC-SeqChIP-SeqRIP-Seq基因调控10x官方发布样本准备样本要求样本取材以及样本编号技巧精简版细胞库组织库动物模型蛋白组代谢组Hi-C单细胞与空间转录组单细胞悬液外泌体蛋白芯片样本表单留言板SaaS 帮助搜索Mac谷歌浏览器2019国自然基金查询生信相关工具集合数据分析项目信息单提交资料分享核酸抽提产品资料转录组软件教学视频微生物多样性软件教学视频Lexogen产品培训视频Olink精准蛋白组学专题项目进度个人中心会员登录会员注册购物车联系我们公众号手机商城公司愿景知识分享
当前位置
全转录组测序

通过全转录组测序可快速的获取某一条件下组织或细胞中大部分转录本的表达情况。与常规转录组测序相比,全转录组测序可以同时获得mRNA、lncRNA和circRNA三种类型的RNA信息。

特色:

丰富的建库经验,过硬的建库质量

10余年文库构建技术沉淀,具备处理复杂样品的能力和丰富的建库经验

具有特色的高级分析

lncRNA调控机制预测,lncRNA和mRNA的共表达分析,lncRNA、mRNA和circRNA的联合分析等

结合客户的需求,灵活进行定制化信息分析

推荐测序模式

Hiseq4000,PE150

一般测序:10 Gb/样本

深度测序:20 Gb/样本

案例展示

案例一   鉴别肺结核中circRNA的表达特征及构建ceRNA调控网络

研究背景

肺结核(PTB)是由结核杆菌引起的慢性疾病,对人类健康构成严重威胁。circRNA被认为在许多疾病的发病机理和发展过程中具有潜在的调控作用,然而,PTB中circRNA的表达模式和调控机理仍有待于研究。

                                                                                    技术路线                                                                                                                   

研究内容

项目通过全转录组测序探究肺结核中circRNA的表达特征。作者阐明了肺结核中circRNA的表达特征,通过GO和KEGG富集分析对circRNA进行了功能富集分析,构建了肺结核中circRNA的ceRNA调控网络。

研究结果

1. 采集3例肺结核患者和3个正常人的全血样品进行全转录组测序,筛选发现170个circRNA的表达量发生了显著性变化。
2. 在20例患者中对6个circRNA的表达进行验证,结果与全转录组一致。
3. GO和KEGG功能分析发现,差异表达circRNA在一些免疫通路如MAPK信号传导通路、癌症中的内吞作用通路出现富集。
4. 构建肺结核中miRNA介导的circRNA-mRNA的相互网络,即ceRNA调控网络。

参考文献
Zhang X, Zhu M, Yang R, et al. Identification and comparison of novel circular RNAs with associated co-expression and competing endogenous RNA networks in pulmonary tuberculosis. Oncotarget 2017; 8(69): 113571-113582. (IF: 5.168)

常见问题

1. 全转录组测序和circRNA测序建库区别是什么?
全转录组测序主要通过去除rRNA,构建链特异性文库,测序文库中保留了mRNA、lncRNA和circRNA的信息。circRNA测序在建库过程中去除rRNA和消化去除线性RNA,特异富集circRNA。相对于全转录组测序,circRNA测序建库可以获得更多的circRNA信息。
2. 全转录组测序和circRNA测序这两种方案如何选择?
如果希望通过一次测序,获得更多类型的RNA信息,建议选择全转录组测序。全转录组测序可以获得mRNA、lncRNA、circRNA三种类型的RNA信息。但由于建库方式的差异和测序数据量的限制,全转录组测序所获得的circRNA类型通常比circRNA测序要少。如果研究目的只关注circRNA,那么建议选择circRNA测序。对circRNA单独测序,通常可以获得比全转录组测序更多的circRNA类型,挖掘出新的circRNA类型。
3. 全转录测序和circRNA测序推荐多少数据量?
全转录组测序的话,一般推荐数据量20 Gb;单纯的circRNA测序的话,一般推荐数据量10 Gb。