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全转录组测序

通过全转录组测序可快速的获取某一条件下组织或细胞中大部分转录本的表达情况。与常规转录组测序相比,全转录组测序可以同时获得mRNA、lncRNA和circRNA三种类型的RNA信息。

特色:

丰富的建库经验,过硬的建库质量

10余年文库构建技术沉淀,具备处理复杂样品的能力和丰富的建库经验

具有特色的高级分析

lncRNA调控机制预测,lncRNA和mRNA的共表达分析,lncRNA、mRNA和circRNA的联合分析等

结合客户的需求,灵活进行定制化信息分析

推荐测序模式

Hiseq4000,PE150

一般测序:10 Gb/样本

深度测序:20 Gb/样本

案例展示

案例一   鉴别肺结核中circRNA的表达特征及构建ceRNA调控网络

研究背景

肺结核(PTB)是由结核杆菌引起的慢性疾病,对人类健康构成严重威胁。circRNA被认为在许多疾病的发病机理和发展过程中具有潜在的调控作用,然而,PTB中circRNA的表达模式和调控机理仍有待于研究。


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                                                                                    技术路线                                                                                                                     ceRNA调控网络

研究内容

项目通过全转录组测序探究肺结核中circRNA的表达特征。作者阐明了肺结核中circRNA的表达特征,通过GO和KEGG富集分析对circRNA进行了功能富集分析,构建了肺结核中circRNA的ceRNA调控网络。

研究结果

1. 采集3例肺结核患者和3个正常人的全血样品进行全转录组测序,筛选发现170个circRNA的表达量发生了显著性变化。
2. 在20例患者中对6个circRNA的表达进行验证,结果与全转录组一致。
3. GO和KEGG功能分析发现,差异表达circRNA在一些免疫通路如MAPK信号传导通路、癌症中的内吞作用通路出现富集。
4. 构建肺结核中miRNA介导的circRNA-mRNA的相互网络,即ceRNA调控网络。

参考文献
Zhang X, Zhu M, Yang R, et al. Identification and comparison of novel circular RNAs with associated co-expression and competing endogenous RNA networks in pulmonary tuberculosis. Oncotarget 2017; 8(69): 113571-113582. (IF: 5.168)

常见问题

1. 全转录组测序和circRNA测序建库区别是什么?
全转录组测序主要通过去除rRNA,构建链特异性文库,测序文库中保留了mRNA、lncRNA和circRNA的信息。circRNA测序在建库过程中去除rRNA和消化去除线性RNA,特异富集circRNA。相对于全转录组测序,circRNA测序建库可以获得更多的circRNA信息。
2. 全转录组测序和circRNA测序这两种方案如何选择?
如果希望通过一次测序,获得更多类型的RNA信息,建议选择全转录组测序。全转录组测序可以获得mRNA、lncRNA、circRNA三种类型的RNA信息。但由于建库方式的差异和测序数据量的限制,全转录组测序所获得的circRNA类型通常比circRNA测序要少。如果研究目的只关注circRNA,那么建议选择circRNA测序。对circRNA单独测序,通常可以获得比全转录组测序更多的circRNA类型,挖掘出新的circRNA类型。
3. 全转录测序和circRNA测序推荐多少数据量?
全转录组测序的话,一般推荐数据量20 Gb;单纯的circRNA测序的话,一般推荐数据量10 Gb。