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组学样本量
代谢组样本收集
蛋白芯片样本相关

转录组及芯片样本要求                

样本质检标准

2100 RIN

28S/18S

合格

>=7.0

>=0.7

部分降解(情况1)

2100 RIN>=7.0

<0.7

部分降解(情况2)

6.0<=2100   RIN<7.0

------

降解

<6.0

------


类型

最低需求量 (mg)

Affymetrix表达谱芯片(Affymetrix 试剂盒)

2

Affymetrix表达谱芯片(Nugen wb试剂盒)

1

Agilent表达谱芯片

2

Illumina表达谱芯片

3

Affymetrix miRNA芯片

1

Agilent miRNA 芯片

0.5

RNA–测序 (原核)

6

RNA–测序 (真核)

6

Small RNA 测序

2


1.以上参考指标仅针对哺乳动物,其他特殊物种的样本质检判定应视具体情况而定。

2.对于部分降解或降解的样本,建议客户重新送样,否则会对后续的实验有一定的影响。如果客户选择继续实验,会有一定的失败率,请客户书面确认。

3.条带异常的样本,一般不影响后续的实验流程,但进行数据分析时,可能会引进异常条带产生的干扰信息。


蛋白组样本要求

实验方法植物茎叶植物根果动物组织血清体液动物培养细胞(沉淀)微生物(沉淀)
考染2DE0.5g2g0.1g1000ul绿豆大小(107个)黄豆大小
银染2DE/DIGE0.2g0.5g0.05g200ul米粒大小(106个)绿豆大小
Label Free/iTRAQ0.2g0.5g0.02g100ul米粒大小(106个)绿豆大小

说明:(1)以上数值仅为参考数值,实际操作中最后制备出的样品是否满足后续实验要求不以该参考数值为标准,而以实验样品制备的实际情况为标准。(2)在情况允许的条件下,实际样品准备量应尽量在该参考标准的基础之上适当多准备一些。(3)收集的样品需尽快放在液氮中冻存或转移至-80度冰箱长期保存,运送到检测单位时**采用干冰运输。

血清、尿液代谢组学样本收集参考步骤

1. 血清

样品量要求:

NMR 实验500ul/sample;GC-MS,LC-MS 实验200ul/sample;一定避免反复冻融。

样本收集步骤:

血液收集在离心管中静置 30 分钟进行凝固分层。然后低速离心取上清装载干净的离心管中,

再高速离心5 分钟,取上清分装到冻存管中,每管0.5ml,-80 度冻存寄送。

注意事项:

1)取血时如用酒精消毒,请擦干擦拭部位,待酒精完全挥发后再取样。

2)取血时如用麻醉剂,建议用异氟醚,防止在 NMR 血清谱图中出现干扰峰。

3)如要采用血浆,请务必使用肝素钠抗凝管。


2. 尿液

样本量要求

1ml/例,原则上可以多取一点。

样本收集步骤:

晨起中段尿(临床)或晨间 1 小时尿(动物)直接分装到离心管中,每管1ml,

添加一滴(约 10ul)质量体积为1/100(w/v)的叠氮化钠,-80 度冻存寄送。

注意事项:

1)动物1 小时尿量不够,可分多次收集,如果需要收取24h 尿液,请使用带有低

温装置的代谢笼收取,并添加叠氮化钠。

2)叠氮化钠的作用是防腐杀菌,有毒,请万分小心。


代谢组组织样本取样

动物组织

1. 首先准备好用于包装样本的铝箔或冷冻保存管,并且用油性记号笔在铝箔或冻存管外表

多处写明样本编号;

2. 准确切除所需组织后,立即剔除结缔组织和脂肪组织等非研究所需的组织类型。务必将

组织分割成小块;

3. 在生理盐水或PBS 中迅速漂洗样本,以去除血渍和污物;

4. 用镊子夹住样本,放入液氮中冷却样本;

5. 用准备好的铝箔或冷冻保存管装载包裹组织,迅速投入液氮或转入-80℃冰箱保存样本;

6. 填写样本登记单,写明样本名称、组织类型、编号、取样日期、样本处理过程等情况。

动物组织的量为 200mg/sample,保留备份,干冰低温寄送,避免反复冻融。


临床标本

1. 首先准备好用于包装样本的铝箔或冷冻保存管,并且用油性记号笔在铝箔或冻存管外表

多处写明样本编号;

2. 准确切除所需组织后,并将组织切割成小块,用镊子夹住样本,立即投入液氮冷冻;

3. 用准备好的铝箔或冷冻保存管装载包裹组织,迅速投入液氮或转入-80℃冰箱保存样本;

4. 填写样本登记单,写明样本名称、组织类型、编号、取样日期、样本处理过

程等情况。

临床组织的量为 200mg/sample,保留备份,干冰低温寄送,避免反复冻融。


植物组织

1. 准确取得所需组织后,用锡箔纸包裹,或放入进口冻存管中,拧紧管盖。锡箔纸或冻存

管要事先做好标记;

2. 立即投入液氮冷冻,然后于液氮中存放或转入-80℃超低温冰箱保存;

3. 填写样本登记单,写明样本名称、组织类型、编号、取样日期、样本处理过程等情况。

基因芯片,蛋白质组学植物组织的量为2g/sample,代谢组学植物组织的量为200mg/sample,

保留备份,干冰低温寄送,避免反复冻融。


微生物代谢组学样本收集参考步骤

1. 酵母菌,真菌,细菌

菌体数量:1*108(一般OD600≈0.6 时,细菌处于生长指数其,浓度为108cells/ml。)为一

次实验的用量,**给2 次实验的用量。

详细取样步骤:

1)淬灭:培养好的菌液混匀后,取出1ml 菌液到10ml 离心管中,然后迅速加入预冷的淬

灭试剂60%甘油盐溶液(-23℃)4ml(-23℃预冷,甘油-盐溶液,3:2(v/v),如:向1.35%

的 NaCl 溶液200ml 中加入甘油300ml)。迅速涡旋混匀(vortex,2s),然后放入-20℃冰箱

冷冻(约5min);

2)离心:将淬灭好的菌液进行离心,12000g,20min,-20℃;

3)漂洗:离心处理完毕后,去除上清,加入2ml 漂洗液(-20℃预冷,甘油-盐溶液,1:1(v/v)

如:向1.35%的 NaCl 溶液(200ml)中加入甘油(200ml)),涡旋混匀,离心,去除上清,

条件同上;

4)将沉淀(菌体)进行冻干处理;

5)冻存到-80℃冰箱内,干冰寄送到我公司。


2. 革兰氏阴性及革兰氏阳性菌(如枯草芽孢杆菌,大肠杆菌等)

菌体数量:1*108 为一次实验的用量,**给2 次实验的用量。

详细取样步骤:

1) 淬灭:70%冷甲醇(-70℃)

2) 快速过滤

3) 冻干,-80℃冻存

4) 低温寄送


3. 酵母(Yeast)

菌体数量:1*108 为一次实验的用量,**给2 次实验的用量。

详细取样步骤

1) 淬灭:60%冷甲醇(-40℃)

2) 快速过滤

3) 冻干,-80℃冻存

4) 低温寄送


4. 木霉菌

菌体数量:1*108 为一次实验的用量,**给2 次实验的用量。

详细取样步骤

1) 淬灭:20%冷甘油(-70℃)

2) 快速过滤

3) 冻干,冻存

4) 低温寄送



蛋白芯片样本相关

* 哪些类型的样本可用于抗体芯片检测?

 细胞裂解物、组织提取物以及血清样本都可用于抗体芯片检测分析。


* 抗体芯片检测是否需要设定对照?

 我们推荐使用抗体芯片检测时同时检测对照样本,包括空白对照、造模对照、阳性对照等。


* 抗体芯片检测过程中需要的最低蛋白量为多少?

 抗体芯片检测过程中蛋白质需要经过标记与检测两个步骤,需要的最低蛋白量为总蛋白40 -100微克。


* 如果使用细胞样本,获得100微克总蛋白需要多少细胞?

 由于细胞类型不同,每个细胞的蛋白含量也不尽相同。我们通常实验中使用 106 - 107 的细胞可提取大约 1 毫克蛋白质,其中大约 100ug 用来进行标记与杂交,因此我们推荐提供 5 × 106 细胞用于抗体芯片检测。


* 准备芯片检测样品前要注意什么?

 答:样品尽量新鲜,组织样本冷冻前尽量去除血液等、血清不要有溶血发生、样品不要反复冻融。


* 可以使用除了抗体芯片配套试剂盒中的提取缓冲液以外的蛋白裂解试剂吗?

 是的,在细胞或者组织裂解获得蛋白质的过程中是可以使用各种缓冲液的(如:RIPA裂解液),但是这些缓冲液不能包含 Tris 。因为 Tris 组分会影响到下一步的蛋白质标记步骤。因此,在使用含有 Tris 组分的缓冲液获得蛋白质之后,推荐使用 Millipore, Microcon YM-10 filters (Catalog: 42406) 或者 Sephadex G-25 columns 置换成标记缓冲液体系。


* 在裂解过程中需要加入蛋白酶抑制剂吗?

 抗体芯片的配套裂解试剂中是不含蛋白酶抑制剂的。样本取来后,会在低温快速的情况下完成蛋白质提取、标记以及杂交过程。如果您需要自己裂解样本,那么推荐您在蛋白质裂解过 程中加入蛋白酶抑制剂。



样品收集细节血浆样品(不能用肝素抗凝)(1) 用采血针和EDTA抗凝管抽取全血,轻柔上下颠倒混匀后室温或者4°C保...
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