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1.血液样本 1.1 全血采集要求: 全血中的DNA,以EDTA采血管为例,需要在采血后颠倒混匀8次,使血液与抗凝剂充分混合。 1.1.1 全血重量或体积 采血量要大于1mL,最低500ul 1.1.2 全血注意事项 采用EDTA抗凝管采血,禁用肝素抗凝管。 1.1.3 运输条件 A.直接使用抗凝采血管寄送即可; B.如果短期保存,可放入-20℃或-80℃冰箱保存,如果长期保存,可放入液氮中,采用低温运输。的方式进行送样。 1.2 游离DNA采集要求: 如果研究的是血浆中的游离DNA,可以采用EDTA采血管、STRECK采血管、ARDENT采血管和ARtech采血管等,不同的采血管保存温度、时间和采血体积也是不同的,其中后三种采血管是专门设计用于从血浆中取得高质量游离DNA,这种采血管含有独特的抗凝和保鲜试剂,可以在防止游离DNA降解的同时稳定白细胞,以减少血细胞内DNA释放到血浆从而稀释目标游离DNA。 1.2.1 游离DNA重量或体积 需提供5-10ml 1.2.2 游离DNA注意事项
1.2.3 游离DNA运输条件 A.未富集好的cfDNA需要新鲜血液,常温运输。夏天高温天气可碎冰寄送,并裹上隔热泡沫防止冷冻结冰; B.已富集好的cfDNA需要干冰运输。 2.组织 2.1 组织采集要求: 冻存的新鲜组织样本,迅速取材,离体后立即用0.9%的生理盐水清洗,液氮速冻,或直接放入-80°冰箱冻存。条件允许可使用商业核酸储存液 2.2 重量或体积 0.1g-3ug,或绿豆大小~黄豆粒大小。 2.3 注意事项 自行分离好绝对目的部位组织,注意组织量多的不能全部取样,只随机选取适量组织提取。 2.4运输条件 液氮速冻,-80度保存,干冰运输。 3.FFPE 3.1 FFFE采集要求 从取下组织到完成包埋所用时间尽可能短,取样时避免混入脂肪组织。 3.2 重量或体积 切片组织细胞>30000个; 有核细胞比例>80%; 肿瘤细胞比例>20%; FFPE样本面积10mm×10mm; 每张白片或蜡卷厚度5~10um,需6-8片; 若为石蜡块,厚度需达40um。 3.3注意事项 尽量采用新鲜组织包埋的石蜡切片或蜡块。注意避免不同样本蜡片交叉污染。 3.4 运输条件 常温或4°运输。 4.唾液 4.1 唾液样本采集要求 提前30min用饮用水漱口,然后唾液采集前不得吸烟,进食,饮水等,进量能用舌头多刮上下颚,同时可以用牙齿多刮一下舌头,保证脱落细胞的数量。 4.2 重量或体积 >1ml,尽量收集较多的细胞 4.3注意事项 唾液采集样本会因为用户的操作方式有DNA提取失败的可能性,所以我们介绍下如何更好的保证您的DNA样本一次性提取成功。 首先,DNA的提取是通过唾液里面包含的脱落细胞,而不是唾液本身。所以在采集唾液样本的时候,您要尽可能的用舌头多刮几次上下颚,同时也可以用牙齿稍微的刮一下舌头,保证脱落细胞的数量。 保证您在过去30分钟内没有进食,饮水,抽烟等影响采样成功率的行为,建议早上起床**件事就是采样,保证采样成功率。请务必注意,不要在采样之前用漱口水漱口,也不建议漱口之后再采样。 4.4 运输条件 常温或4°运输。 5.口腔拭子 5.1 口腔拭子样本采集要求 提前30min用饮用水漱口,然后采集前不得吸烟,进食,饮水等,进量能用棉签多刮上下颚,保证脱落细胞的数量 5.2 重量或体积 棉签反复刮10-20次左右 5.3注意事项 采样准备:准备一杯白开水,饮入约30 mL充分洗漱口腔约30秒,吐掉。重复2-3次。30分钟后,才能采样。注意:30分钟内,请不要进食、饮水、吸烟、饮用含有咖啡因和碳酸的饮品等,因为上述行动会造成取样失败 5.4 运输条件 常温或4°运输。 6.细胞 6.1 细胞样本采集要求 6.1.1悬浮细胞:悬浮细胞培养结束后,离心去除培养液;收集的细胞用PBS缓冲液快速洗2次,低速离心除去PBS缓冲液,收集细胞沉淀。 6.1.2 贴壁细胞:贴壁细胞培养结束后,吸取去除培养液,胰酶消化,用PBS缓冲液快速洗2次并收集洗下的细胞;低速离心除去PBS缓冲液,收集细胞沉淀。 6.1.3 分离细胞:新鲜组织分离的细胞。 6.2 重量或体积 2×106个细胞/ml以上。 6.3 运输条件 -80°保存,干冰运输。 7.gDNA 7.1gDNA送样要求 7.1.1相关的纯度要求如下: 1. Protein/RNAfree: 260/280 ratio >1.85; 2. Solventfree: 260/230 ratio >2.0; 7.1.2 样本浓度要求: 1. 通常样本浓度10ng/ul以上,总量300-1000ng,做850K芯片要求总量在500-1500n; 2. XT芯片样本总量在50ng以上均可上机; 3. DNA溶解在ddH2O,低浓度TE buffer或EB buffer中,若保存在乙醇中需要纯化后实验。 7.1.3 样本电泳质量判定标准: 1. 判A标准:DNA主带清晰,无色素、蛋白、糖类等杂质污染,总量满足一次标准上芯片需求,可以进行后续实验; 2. 判B标准:DNA主带稍有降解,无色素、蛋白、糖类等杂质污染,总量按满足一次标准芯片实验需求,可以尝试进行后续实验; 3. 判C标准:DNA主带降解明显,无色素、蛋白、糖类等杂质污染,总量仅能满足一次风险上芯片需求,可尝试进行风险上机; 4. 判D标准:DNA条带弥散严重,或有色素、严重蛋白、严重糖类等杂质污染,或总量和浓度都无法满足最低上芯片需求,不建议进行后续实验。 7.2重量或体积 基因组DNA样本需要提供20ul以上体积. LCG芯片(ASA,GSA,CGA芯片)总量不小于200ng,大于500ng。 XT芯片样本总量在不小于50ng,大于500ng。 935K和MSA甲基化芯片总量不小于500ng,大于1000ng。 7.3运输条件 要求干冰运输,短途样本可4°冰袋运输。单个样本管盖用封口膜封好,96孔板装样本用热封膜封住管口或3M封口膜封,以免漏液。 |