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宏基因组测序

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产品介绍

宏基因组(metagenome是指特定环境中全部生物(微生物)遗传物质的总和。宏基因组测序以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象,不需对微生物进行分离培养,而是提取环境微生物总DNA进行研究。其摆脱了传统研究中微生物分离培养的技术限制,在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度,探索微生物与环境及宿主之间的关系。目前,第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。第二代高通量测序平台具有通量高、准确性高、速度快、信息全等特点,加快了宏基因组测序在鉴定低丰度的微生物群落,挖掘更多基因资源方面的应用。



02

分析流程

宏1.png



03

技术参数


实验策略

测序量

项目周期

400bp左右小片段文库

常规 6G-10G raw data

50个工作日





04

技术特色

不依赖于微生物的分离培养,克服了传统的纯培养方法的技术限制,为研究和开发利用占微生物种类99%以上的未可培养的微生物提供了一种新的途径和良好的策略;

可以得到环境中丰度较低的,为研究低丰度微生物提供了途径;

引入了宏观生态的研究理念,对环境中微生物菌群的多样性、功能活性等宏观特征进行研究,可以更准确地反应出微生物生存的真实状态。

11项目服务,直接对接生信分析师,没有中间环节,沟通更高效。

多组学关联分析,可关联代谢组等研究结果,全方面深化研究。



05

送样要求

样品类型:取样材料或者环境样本DNA

样品浓度:30ng/ul

样品总量:1ug




06

分析示例


宏2.png

多样本物种分布条形图




宏3.png

相关性heatmap


宏4.png

多样本RDA/CCA分析



宏5.png

STAMP 分析(样本间)





项目经验:

1. Initial soil microbiome composition and functioning predetermine future plant health. Science Advances (IF=13.293) 2019.

2. Active harvesting enhances energy recovery and function of electroactive microbiomes in microbial fuel cells. Applied Energy (IF=8.426), 2019.

3. Ruminal microbiome-host crosstalk stimulates the development of the ruminal epithelium in a lamb model. Microbiome (IF=10.465), 2019.

4. Microbial diversity and antibiotic resistome in swine farm environments. Science of the Total Environment (IF=5.589), 2019.

5. Stratification of microbiomes during the holomictic period of Lake Fuxian, an alpine monomictic lake. Limnology and Oceanography (IF=4.325), 2019.