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lncRNA测序

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。利用新一代高通量测序技术进行lncRNA测序,并结合生物信息学的预测工具进行lncRNA分析,有助于科研工作者更快发现那些具有重要调控功能的lncRNA,分析其与特定生物学过程的关系。该方法可以更加有效地获取lncRNA序列以及位置信息,且突破了常规lncRNA芯片检测技术的使用范围限制,还可对新的lncRNA进行预测及功能分析,极大促进lncRNA的深入研究。

技术稳定,建库重复性好
同一样本重复建库相关性Pearson值大于0.993
高特异性
使用特定方法降低样本中rRNA的丰度
高准确度
构建链特异性转录组文库,快速、有效、准确地获取样本中几乎全部的lncRNA序列及其位置信息
分析严格
系统鉴定已知lncRNA,设置严格的筛选条件用于发现新的lncRNA
特色lncRNA高级分析
lncRNA cis和trans调控机制以及ceRNA调控机制等
经验丰富
已对多种动植物的lncRNA进行测序分析
案例展示
案例一   梗阻性黄疸大鼠模型胸段脊髓的 lncRNA 表达特征分析
研究背景
脊髓中包含复杂的功能基因和长链非编码 RNA,深刻地影响病理性疾病的发生和发展。尽管阻塞性黄疸在多种临床疾病中已有报道,但胸段脊髓中 lncRNA 表达模式仍有待于探究。
研究内容
我们携手河北医科大学第二医院,共同探究阻塞性黄疸模型胸段脊髓的 mRNA 和 lncRNA 的表达模式,其中 mRNA和   lncRNA 的测序和分析工作由我们完成。该文章利用 lncRNA 测序探究胸段脊髓中 lncRNA 表达特征,通过 GO 和 KEGG 富集分析对基因功能进行注释,研究了随着时间变化,阻塞性黄疸模型胸段脊髓的 mRNA 和 lncRNA 表达模式特征。

lncrna

研究结果
1. 构建大鼠阻塞性黄疸模型,发现 BDL 组大鼠的耳朵呈现黄色、血清总胆红素水平升高。
2. 对实验组和对照组进行脊髓 lncRNA 测序,通过散点图和热图对结果进行特征分析,共筛选获得 2800 个差异 mRNAs 以及 2033 个差异 lncRNAs,并对差异表达的 mRNA 进行 GO 和 KEGG 功能注释。
3. qRT-PCR 验证差异基因的表达,挑选 5 个上调 lncRNA 和 5 个下调 lncRNA 进行验证,结果发现 NONRATT002335 和 NONRATT018085 的表达量显著上调,NONRATT025415、NONRATT025388 以及 NONRATT025409 的表达量显著下调。
4. 对模型组 14 天和 18 天的 lncRNA 表达进行差异分析发现,NONRATT002335 和 NONRATT018085 的表达量显著上调,NONRATT025415、NONRATT025388 和 NONRATT025409 的表达量显著下调。
参考文献
Wang Q, Li ZX, Liu BW, et al. Altered expression of differential gene and lncRNA in the lower thoracic spinal cord on different time courses of experimental obstructive jaundice model accompanied with altered peripheral nociception in rats. Oncotarget 2017; 8(62): 106098-106112. (IF: 5.168)
常见问题
1. lncRNA 测序建库与常规转录组测序的区别是什么?
长链非编码 RNA 建库主要通过去除 rRNA,构建链特异性文库。不同于常规转录组项目基于 polyA 富集,是因为有研究发现细胞内一部分(>24%)的长链非编码 RNA 都是缺少 polyA 尾的。链特异建库有助于我们确定转录的方向,并使得反义转录本的定量更为准确。而常规转录组测序一般不要求构建链特异性文库。
2. lncRNA 测序获得的差异 lncRNA 如何进行筛选?
首先可以根据 fold change 值和 p value 对差异 lncRNA 进行筛选,然后通过 lncRNA 和 mRNA 共表达分析,从关键基因或关键信号通路层面入手去锁定目标 lncRNA,另外可以通过lncRNA高级分析从 lncRNA 的 cis 和 trans 调控机制层面入手,锁定目标 lncRNA。