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进化树专题(八)系统进化树美化-iTOL

ITOLInteraction Tree Of Life(网址:http://itol.embl .de/)的简称,它是一个集在线展示、注释和管理进化树的交互工具。绘图过程中可以随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体。而iTOL**的特点是可以同时展示不同的数据集,并按照个性化的需求控制数据集的位置、大小和颜色,并允许导出高质量的位图和矢量图。


01

注册登录




02

上传tre格式文件,可以是tre文件也可以是nwk文件




03

点击“phylogeny.tre”进入系统进化树的调整页面



I. 基础调整Basic:主要用于调整进化树的形式(普通进化树、圆形和无根树)、标签、树枝的粗细颜色等;

II. 高级调整Advanced:主要用于调整树枝顺序、长度,Bootstrap的显示形式等;

III. Datasets是对系统进化树的进一步调整,点击“Help->Help pages”见详情:
(1)调整分支和标签的背景颜色
选中分枝->Color->New color range->填写Label并选择颜色;
可以选择Label标签、Clade分枝、Full全部、Off不显示颜色。
(2)调整分枝的颜色和类型
选中分枝->Color->Set clade color选择颜色;选中分枝->Style->Clade选择线的类型和粗细。
(3)Dataset的几种类型:总有一款适合你
找到需要的作图类型,下载注释文件模板。
iTOL的帮助页面(http://itol.embl.de/help.cgi)提供了example_data.zip可供学习参考。

除了“tree_of_life.tree.txt”是树文件,其他均为注释文件,可以以这些注释文件为模板,依据我们自己的数据生成期望的注释形式。
举例:
A. 注释文件multibar.txt
按模板编辑好注释文件后直接鼠标拖到iTOL网页即可。
B. 注释文件colorstrip.txt
IV. 导出图片
可导出3种图片格式,可根据需要进行选择。


最终获得图片: