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环境中存在着大量的不可培养微生物。受限于分离培养技术的瓶颈,以往技术难以获得这些微生物的高品质基因组信息。在既往研究中,利用宏基因组binning有助于获得不可培养微生物的全基因组序列,但存在着组装完整性差,污染率高等问题。 长读长测序可以为复杂微生物群体样本中的单菌组装提供又长又准的序列,大幅提升组装效果,有效解决宏基因组组装Contig太短、基因不完整、基因簇破裂问题,打造宏基因组完成图Complete MAGs新概念,并可为复杂微生物组的多方向研究提供高效解决途径。
期刊:Microbiome 影响因子:11.607 发表时间:2019年 由于人类肠道具有高度复杂性和多样性,阐明人类肠道中染色体外可移动遗传元件(eMGE,如质粒和噬菌体)的生态和生物学特性仍然具有挑战性。本研究通过PacBio测序技术从12个粪便样本中获得了82个eMGE contigs(2.5-666.7Kb),包括58个新质粒和6个新噬菌体,以及5个末端带有直接重复的crAssphages。拟杆菌属质粒均占主导地位,而抗生素抗性基因主要存在于低丰度变形杆菌属相关质粒中。
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