羟甲基化5hmC是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基，在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用。

全基因组羟甲基化APOBEC偶联测序(ACE-seq)

——低成本羟甲基化5hmC单碱基分辨率方案！

羟甲基化5hmC是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基，在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用。尽管OX-BS能够区分5hmC和5mC进行羟甲基化的研究，但两个文库的制备测序成本依然过高。针对5hmC研究隆重推出新一代羟甲基化检测产品‍APOBEC-coupled epigenetic sequencing（ACE-seq）！使用AID/APOBEC家族DNA脱氨酶APOBEC3A（A3A）进行脱氨，能够特异地脱去C及5mC的氨基使其变为U，在全基因组单碱基水平对5hmC进行高灵敏度的检测。

技术优势

重点技术产品，用心服务每一个项目

专注表观组学10年，提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案；

较早开发羟甲基化测序技术的团队，国内较早推出多种组合的解决方案；

严格的ACE-seq文库构建质控，转化率>99%；

已完成多种肿瘤及哺乳动物羟甲基化测序及ACE-seq测序分析；

助力客户在Genome biology, Epigenetics等杂志发表多篇论文。

样本类型和要求

数据信息分析

案例分析1：小鼠胚胎干细胞的羟甲基化研究

Dynamics of DNA hydroxymethylation and methylation during mouse embryonic and germline development. Nat Genet 55, 130–143 (2023)

研究背景：在哺乳动物中，DNA 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)参与了胚胎早期发育过程中的甲基化重编程。然而，5hmC在多大程度上参与全基因组甲基化重编程仍然是未知的。

研究材料：小鼠胚胎细胞(C57BL/6J)

研究方法：ACE-seq、转录组测序(RNA-Seq)

研究结果：

1、亲代等位基因特异性描述了小鼠早期胚胎和生殖细胞中的5hmC景观

2、与受精卵的新生甲基化或维持性甲基化相比，DNA羟甲基化与DNA去甲基化的相关性更强；

3、小鼠受精卵中Dnmt1/Uhrf1的异常核定位导致DNA复制偶联被动去甲基化缺陷和5hmC沉积受损；

研究结论：

表征了小鼠早期胚胎和生殖细胞中的5hmC景观，揭示了全基因组5-甲基胞嘧啶(5mC)维持与tee介导的氧化之间的差异。

图1 小鼠早期胚胎和生殖系细胞DNA羟甲基组研究的实验设计

图2 E6.5胚泡至E13.5 PGCs外胚层细胞中5hmC的动态变化