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宏基因组元素循环测序
产品介绍

元素循环是生物地球化学循环的重要环节,主要涉及碳、氮、磷、硫等元素的循环过程环境中的各种微生物会广泛参与到元素循环的过程中,其数量、质量及代谢速率与所在生态系统乃至整个生物圈的结构、功能、动态过程和生产密切相关。自然界中广泛分布的微生物是自然界碳、氮、磷、硫元素循环的主要驱动力,通过检测微生物基因组中涉及碳、氮、磷、硫代谢循环相关的功能基因,可综合分析不同生境下碳、氮、磷、硫循环的整体水平并评价微生物对此过程的影响,为环境健康和影响评价提供基因水平上的有力证据。

我们建立了完整的碳、氮、磷、硫循环循环模式图对宏基因组数据进行深入挖掘,通过循环模式图,确定不同代谢过程所涉及的功能基因及其丰度计算方法,对环境样品微生物群落碳、氮、磷、硫循环能力进行分析及比较,进一步通过对识别到的相关功能基因所属物种进行分类学注释,识别环境样本中参与碳、氮、磷、硫循环的主要功能微生物种属。


分析流程

图片8.png

   (以碳循环为例)   



送样要求


样本类型

要求

DNA样本

浓度30ng/ul,总量10ug

土壤、沉积物样本

2g

水体样本

≥5L,过0.22μm的滤膜,送滤膜

空气样本

使用空气抽滤机,使空气通过0.22 μm滤膜,膜上有可见覆盖物。

上述原始样本,需-80保存,干冰运输。

更多样本类型,欢迎详询技术支持



分析示例

整合.png


元素循环图



案例展示

元素循环ABUIABAEGAAgqvHNkwYoz5mMqQYw0gs45gI.png

期刊:Sci Total Environ    影响因子:7.963    发表时间:2022年3月

在污水处理和资源再利用领域,使用紫色光和细菌(PNSB)进行的生物处理过程受到了越来越多的关注,PNSB不仅仅是污水处理和资源利用的有效工具,其还是一个理想的微生物生态系统模型。本研究通过宏基因组测序结合binning的方法分析微生物群落的代谢功能。发现在不同光照条件下,PNSB中的CNP转化,并绘制出PNSB群落的CNP代谢网络。

图片7.png

PNSB群落的CNP代谢网络



参考文献


发表时间

文章标题

杂志名

2023

Metagenomic study of carbon metabolism in black soil microbial communities under lead-lanthanum.

Journal of Hazardous Materials

2023

Tritium and Carbon-14 Contamination Reshaping the Microbial Community Structure, Metabolic Network, and Element Cycle in the Seawater Environment.

Environmental Science & Technology

2023

Stable Isotopic and Metagenomic Analyses Reveal Microbial-Mediated Effects of Microplastics on Sulfur Cycling in Coastal Sediments.

Environmental Science & Technology

2023

Metagenomic insights into the functional genes across transects in a typical estuarine marsh.

Science of The Total Environment

2023

Effects of nitrogen deposition on carbon and nutrient cyclingalong a natural soil acidity gradient as revealed bymetagenomics

New Phytologist

2022

Estuarine plastisphere as an overlooked source of N2O production.

Nature Communications

2022

L-theanine exuded from Camellia sinensis roots regulates element cycling in soil by shaping the rhizosphere microbiome assembly.

Science of the Total Environment

2022

Metagenomic assembled genomes unravel purple non-sulfur bacteria (PNSB) involved in integrating C, N, P biotransformation.

Science of the Total Environment

2022

Metagenomic insights into nitrogen and phosphorus cycling at the soil aggregate scale driven by organic material amendments

Science of the Total Environment

2021

Metagenomic Insight Into Patterns and Mechanism of Nitrogen Cycle During Biocrust Succession.

Frontiers in Microbiology