DNA 6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)
N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一, 在细菌、藻类及植物基因组中广泛存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。 6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DNA片段,结合NGS测序技术在全基因组水平上分析6mA修饰信息。
用心服务每一个项目 专注表观组学10年,提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案; 国内较早开发6mA-seq技术团队之一, 严格的内参质控; 已经完成藻类及动植物及人等多个物种6mA-seq项目经验; 专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。 科学方案设计 从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析; 每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。 样本类型和要求
数据分析
案例分析:衣藻基因组6mA甲基化谱研究 N6-Methyldeoxyadenosine Marks Active Transcription Start Sites in Chlamydomonas.Cell. 2015;7;161(4):879-892. 一、研究背景 N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型。6mA在细菌中广泛存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。相比之下,6mA在真核生物中的分布和功能还不清楚。 二、方法流程 取材:单衣藻(Chlamydomonas) 测序:6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq) 验证:UHPLC-MS/MS: 整体6mA水平 三、研究结果 1、对衣原体基因组中的6mA进行了全面的分析,在84%的基因中鉴定出6mA修饰; 2、6mA主要位于转录起始位点(TSS)附近的AT二核苷酸上,具有双峰分布,并显示出激活基因的标记; 3、在6mA分布存在周期性模式, 与TSS附近的核小体分布有关,表明在核小体位置上可能起到作用。 四、研究结论 6mA的全基因组图谱及其在衣藻基因组中的独特分布表明6mA在真核生物基因表达中的潜在调控作用 |