快递查询
测试调用测试设计Survival生存曲线绘制软件环境微生物多样性软件转录组分析软件转录组软件购买重测序软件环境微生物多样性软件(1)桌面软件中药空间代谢组学检测中药非靶代谢组检测中药入血/入靶成分分析中药成分鉴定检测中药组学ATAC-seqCHIP-seqHi-C测序基因调控OmicsBeanMicrobe Trakr(微生物基因组鉴定分析工具)网页分析系统WEB分析系统澳洲血清 BovineBD科研管KAPAQIAGENThermoFisherMVE液氮罐4titude® 样品管标记系统Hi-C建库试剂盒及基因组组装软件无血清细胞冻存液Cell Freezing Medium纳米流式检测仪lexogen支原体检测试剂盒仪器试剂耗材数据库开发数据中心TCGA生存数据包功能医学报告系统开发PlantArray植物生理组平台特色服务单细胞测序空间代谢组DSP空间蛋白质组Visium空间转录组测序空间多组学类器官基因芯片染色体级别基因组组装Hi-C建库叶绿体、线粒体基因组测序一代测序动植物基因组de novo测序细菌基因组测序真菌基因组测序病毒基因组测序简化基因组遗传图谱测序简化基因组GWAS测序基因组重测序表观组基因分型外显子捕获目标区域捕获简化基因组遗传图谱性状定位扫描图DNA中5-hmC图谱测定全基因组甲基化测序真菌基因组扫描图测序epiGBS-简化甲基化BSA混池测序基因组SSR开发基因组(DNA)UMI-RNAseq转录组测序真核有参转录组测序真核无参转录组测序原核链特异性转录组测序全转录组测序 降解组表达谱芯片circRNA芯片circRNA测序Small RNA测序Lnc RNA测序m6A甲基化测序互作转录组测序UMI-RNAseq转录组(RNA)16S扩增子全长测序Meta-Barcoding(eDNA)技术研究微生物多样性测序宏基因组测序宏基因组Binning分析宏基因组抗性基因测序HiC-Meta宏基因组宏转录组差异表达测序宏病毒组测序环境DNAHiFi-Meta宏基因组肠道菌群临床检测基于肠道菌群检测和移植的肠道微生态学科建设宏基因组元素循环测序微生物组蛋白组代谢组抗体芯片Raybiotech芯片蛋白芯片蛋白芯片ENGINE-生物标志物检测服务ENGINE-抗体特异性服务4D蛋白质组Raybiotech芯片OLINK精准蛋白质组学解决方案常规定量蛋白质组蛋白质组定性分析靶向蛋白质组学修饰蛋白质组学非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学新一代代谢组学 NGM Pro蛋白和代谢组GC-MS全代谢组LC-MS全代谢组靶向代谢组脂质组学代谢组学分子生物学CRISPR基因编辑细胞定制细胞株构建iPS构建CRISPR/Cas9DNA甲基化修饰细胞FAQ基因编辑切片图像扫描组织芯片免疫组化微量基因组建库专家病理切片数字存档多色免疫荧光组织透明化技术服务病理形态学数据陪护扩增子时序分析基因突变体克隆动物中心小动物疾病模型构建和检测服务基因编辑小鼠动物实验支原体污染检测服务细胞系遗传背景鉴定细胞系鉴定外泌体全转录组测序外泌体分离与鉴定单外泌体蛋白质组学分析服务外泌体专题甲基化焦磷酸测序cfDNA甲基化测序DNA甲基化测序850K甲基化芯片935K甲基化芯片全基因组甲基化测序(WGBS)简化基因组甲基化测序 (RRBS)目标区域甲基化测序 (Targeted Bisulfite Sequencing)甲基化DNA免疫沉淀测序 (MeDIP-seq)氧化-重亚硫酸盐测序 (oxBS-seq)TET-重亚硫酸盐测序(TAB-seq)5hmC-Seal,超高灵敏度的羟甲基化检测羟甲基化免疫共沉淀测序 (hMeDIP-seq)DNA 6mA免疫沉淀测序 (6mA-IP Seq)甲基化专题RNA修饰研究专题免疫印迹(Western-blot)技术服务定量Western检测Simoa单分子免疫分析qPCRCNVSNPPGM测序PCR array数字PCR精准检测ATAC-SeqChIP-SeqRIP-Seq基因调控Ribo-seq核糖体印迹测序技术Active Ribo-seq活跃翻译组测序技术翻译组10x官方发布样本准备样本要求样本取材以及样本编号技巧精简版细胞库组织库动物模型蛋白组代谢组Hi-C单细胞与空间转录组单细胞悬液外泌体Raybiotech蛋白芯片Simoa样本准备样本准备要求表单留言板SaaS 帮助搜索Mac谷歌浏览器2019国自然基金查询生信相关工具集合数据分析项目信息单提交资料分享核酸抽提产品资料转录组软件教学视频微生物多样性软件教学视频Lexogen产品培训视频Olink精准蛋白组学专题项目进度个人中心会员登录会员注册购物车联系我们公众号手机商城公司愿景知识分享
当前位置
项目简介
样本要求
应用案例

羟甲基化免疫共沉淀测序(hMeDIP-seq)

羟甲基化DNA免疫沉淀测序(Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,hMeDIP-Seq),

是通过5hmC特异性抗体富集羟甲基化的DNA片段,结合NGS测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找羟甲基化区域;

可广泛应用于羟甲基化与疾病关系研究以及羟甲基化在胚胎发育过程中的研究。

核心技术及质控,用心服务每一个项目

专注表观组学10年,提供专业有价值的DNA羟甲基化完整解决方案;

较早开发羟甲基化测序技术的团队,提供羟甲基化多种解决方案;

已完成人、小鼠、猕猴等多种物种的hMeDIP-seq项目经验;

助力客户在Clin Epigenetics等杂志发表多篇论文;

专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。

科学方案设计

从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;

每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。

样本类型和要求

本类型

样本要求

基因组DNA

总量≥ 3ug; 浓度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

细胞、全血、动物组织等

按照送样要求准备

备注:用封口膜密封样品; 干冰运输

数据分析

hMeDIP-seq

分析内容

备注

标准分析

1、测序数据质量评估

过滤掉低质量数据,保证数据质量

2、与参考基因组比对

测序Reads 在基因组上的分布

3、5hmC Peak峰Calling

5hmC富集区域鉴定

4、5hmCPeak图谱分析

5hmCPeak在基因组,染色体,功能元件上的分布

6、组间差异5hmCPeak分析

寻找DhMR及注释

7、差异5hmCPeak基因分析

相关基因GO,KEGG富集分析

高级分析

8、多组学整合关联分析

例如与转录组关联分析

9、其它定制化分析

结合课题背景亮点挖掘


案例分析1: 结直肠癌甲基化与羟甲基化研究(团队成员发表)

Integrated analyses of multi-omics reveal global patterns of methylation and hydroxymethylation and screen the tumor suppressive roles of HADHB in colorectal cancer. Clin Epigenetics. 2018; 2;10:30.

一、研究背景

DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,与基因表达相关。5-甲基胞嘧啶(5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)是维持表观遗传重编程平衡的两个表观遗传标记。基因组甲基化的不平衡导致癌症发生, 本研究旨在阐明DNA甲基化和羟甲基化在大肠癌发生中的表观遗传机制。

二、方法流程

取材:6对结直肠癌及癌旁组织

测序:hMeDIP-Seq、、MeDIP-Seq、转录组测序(RNA-Seq)   

验证:RTq-PCR: 差异表达基因

功能:siRNA干扰HADHB, 细胞功能(生长、侵袭及转移)

三、研究结果

1、鉴定了一个全基因组的明显羟甲基化模式,可以用作表观遗传生物标记物来清楚地区分大肠肿瘤组织和正常组织;

2、通过肿瘤和正常组织的比较,鉴定出59249个DMR、187172个DhMR和948个DEG;

3、DMR或DhMR的基因与DEG进行交叉配对后,筛选出7个在肿瘤中受到DNA甲基化异常调控的基因;

4、在结直肠癌(CRC)中证实HADHB基因的高甲基化与其转录下调有关;

5、功能分析表明HADHB可降低肿瘤细胞的迁移和侵袭性,提示其可能作为肿瘤抑制基因的作用。

四、研究结论

本研究揭示了CRC中甲基化和羟甲基化的整体模式。通过多组学分析筛选出多个CRC相关基因。甲基化和羟甲基化异常在CRC发生发展中起重要作用。

案例分析2:小鼠胚胎干细胞的羟甲基化研究

Genome-wide analysis of 5-hydroxymethylcytosine distribution reveals its dual function in transcriptional regulation in mouse embryonic stem cells. Genes Dev. 2011 Apr 1;25(7):679-84.

一、研究背景

DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰,与基因表达相关。5-甲基胞嘧啶(5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)是维持表观遗传重编程平衡的两个表观遗传标记。基因组甲基化的不平衡导致癌症发生, 本研究旨在阐明DNA甲基化和羟甲基化在大肠癌发生中的表观遗传机制。

二、方法流程

取材:6对结直肠癌及癌旁组织

测序:hMeDIP-Seq、转录组测序(RNA-Seq)、染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)

验证:RTq-PCR: 差异表达基因

功能:Tet knockdown, 细胞功能(生长、侵袭及转移)

三、研究结果

1、5hmC在具有中等密度CpG二核苷酸的基因组区域富集;

2、Tet1是维持5hmC水平在确定的基因组区域所必需的;

3、5hmC富集分布在Tet1激活和Tet1抑制基因上;

4、5hmC在活性基因和抑制基因上具有不同的分布特征,5hmC在转录活性高的基因的gene bodies区域和受到Polycomb抑制的发育调节因子的启动子区域明显富集,预示着5hmC可能在基因表达调控中起着激活和抑制的双重功能。

四、研究结论

基于hMeDIP-Seq方法在基因组范围的5hmC定位分析, 为进一步理解Tet家族蛋白和5hmC在发育和疾病中的功能奠定了基础。

四、研究结论

基于hMeDIP-Seq方法在基因组范围的5hmC定位分析, 为进一步理解Tet家族蛋白和5hmC在发育和疾病中的功能奠定了基础。