WGBS甲基化检测最有力的方案
全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)， 是结合重亚硫酸盐Bisulfite处理和NGS高通量测序技术， 对有参考基因组的物种在全基因组水平进行单碱基分辨率的甲基化检测， 适合各种类型的样本(细胞、全血、组织、病理切片、血浆cfDNA等) 广泛用于人、动物及农林牧渔等方向的高水平甲基化研究。
用心服务每一个项目 专注表观组学10年，提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案； 已经完成人、动植物等几十个物种, 5000+例样本WGBS项目经验； 已完成常规样本、复杂样本（FFPE）及微量样本（血浆cfDNA）多种样本类型项目； 严格WGBS建库质控和效率，Bisulfite转化率>99%; 自动化建库测序流程，保障WGBS周期交付能力； 核心团队发表Genome Biol、Nat Commun、Cell Res等高水平SCI文章； 专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。
科学方案设计 从项目方案、样本处理、建库测序，到数据分析； 每个项目需要专业、有价值的建议；及时高效的沟通，以保障高质量研究成果
样本类型和要求
信息分析
WGBS单链建库送样要求 一、 送样类型 基因组DNA、细胞、全血、动植物组织 二、 保存方式 基因组 DNA、细胞、全血、动植物组织：放-20℃冰箱中保存(2年以内)，或者放-80℃冰箱中长期保存(5年以内)；保存期间避免反复冻融。 三、 运输条件 1、基因组 DNA：冰袋或者干冰运输； 2、细胞、全血、组织样本：干冰运输，顺丰陆运（3-4天时间），夏季 10-15公斤干冰；秋冬季 10公斤干冰； 四、 样本量要求 1、基因组 DNA：常规WGBS，总量不少于0.5-1ug，浓度不低于 25ng/ul。 1）提供样本 DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者 Agilent 2100电泳等； 2）提取基因组 DNA，要加 RNA酶，去除 RNA污染； 3）提取基因组 DNA，溶到 TE或者 elution buffer, 避免溶解到纯水； 4）提供 Qubit检测浓度，基于 OD值的检测方法，例如 NanoDrop,会严重高估浓度。 2、细胞样本：常规WGBS，不少于 1x10*6个细胞 1）收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的 1×PBS，洗涤 2次，600g离心 5分钟； 2）最后一次离心后，尽量去除上清 PBS，保留细胞沉淀; 3、全血样本：1-5ml外周血 使用普通 EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。 4、动植物组织：动物组织，30mg以上;植物组织，不同组织，送样量不同 动物组织：用预冷的 1×PBS溶液洗掉组织表面残留的血液；取不少于 30mg（绿豆大小）组织块，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)； 植物组织：从植物体上，取下新鲜组织，用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净，吸干；取不少于 300mg叶片等组织，对于果实等含糖很高的组织，送样前需要咨询技术人员。 案例分析1: 灵长类早期着床前胚胎发育DNA甲基化重编程(团队成员发表) De novo DNA methylation during monkey pre-implantation embryogenesis. Cell Research. 2017;27:526-539. 一、研究方案：灵长类胚胎发生的关键表观遗传调控需要DNA甲基化重编程，我们首先建立了基于转座酶的超微量WGBS测序技术，详细研究了猕猴早期着床前胚胎7个阶段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化动态变化过程。 二、研究结果：首次全面阐明了DNA甲基化动力学的“盈与亏”阶段特征，并通过DNA甲基转移酶功能缺失实验表明DNA甲基化影响早期猴胚胎发育。
案例分析2：大豆驯化和改良过程中的DNA甲基化足迹 DNA methylation footprints during soybean domestication and improvement. Genome Biol. 2018; 10;19(1):128 研究方案：本课题通过WGBS技术比较了野生大豆、地方品种和改良品种(n=45)在大豆驯化与改良过程中DNA甲基化的变化。 研究结果：鉴定了5412个甲基化差异区域(DMR), 而这些DMR基因富集在碳水化合物代谢途径。这为大豆不同品种间DNA甲基化提供了有价值的图谱，拓展了大豆驯化与改良的认识。
案例分析3：血浆DNA甲基化分析提示EBV病毒相关疾病的病因 Methylation analysis of plasma DNA informs etiologies of Epstein-Barr virus-associated diseases. Nat Commun. 2019;10(1):3256. 一、研究方案：本研究通过对鼻咽癌(NPC, n=15)、EBV相关性淋巴瘤(n=9)和传染性单核细胞增多症患者(n=5)的血浆游离DNA进行WGBS测序分析。 二、研究结果：发现EBV DNA甲基化图谱呈现疾病相关模式。这表明在鼻咽癌诊断中进行血浆EBV DNA甲基化分析具有重要的潜力。
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