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HiFi-Meta宏基因组
产品介绍

环境中存在着大量的不可培养微生物。受限于分离培养技术的瓶颈,以往技术难以获得这些微生物的高品质基因组信息。在既往研究中,利用宏基因组binning有助于获得不可培养微生物的全基因组序列,但存在着组装完整性差,污染率高等问题。

HiFi readsPacBio公司推出的兼顾长读长和高准确度的测序序列,读长可达15-20Kb,准确性可达99.9%,通过HiFi测序,可以为复杂微生物群体样本中的单菌组装提供又长又准的序列,大幅提升组装效果,有效解决宏基因组组装Contig太短、基因不完整、基因簇破裂问题,打造宏基因组完成图Complete MAGs新概念,并可为复杂微生物组的多方向研究提供高效解决途径。



分析流程

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技术特色


突破培养组学瓶颈,解决不可培养微生物基因组研究难题;

打造宏基因组研究Complete MAGs新概念;

质粒组(Plasmidom)和移动组(Mobileome)研究;

深入挖掘抗性基因及功能基因;

支持个性化定制,助力高品质科研成果

送样要求等,请在项目开展前详询凌恩技术人员。



分析案例

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案例展示

经典案例-人肠道微生物组的质粒组及可移动元件组的三代宏基因组研究

研究简介:

由于人类肠道具有高度复杂性和多样性,阐明人类肠道中染色体外可移动遗传元件(eMGE,如质粒和噬菌体)的生态和生物学特性仍然具有挑战性。本研究通过PacBio测序技术从12个粪便样本中获得了82eMGE contigs2.5-666.7Kb),包括58个新质粒和6个新噬菌体,以及5个末端带有直接重复的crAssphages。拟杆菌属质粒均占主导地位,而抗生素抗性基因主要存在于低丰度变形杆菌属相关质粒中。

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参考文献】:

Suzuki Yoshihiko,NishijimaSuguru,Furuta Yoshikazu et al. Long-read metagenomic exploration ofextrachromosomal mobile genetic elements in the human gut[J]. Microbiome, 2019, 7:119.