环境中存在着大量的不可培养微生物。受限于分离培养技术的瓶颈，以往技术难以获得这些微生物的高品质基因组信息。在既往研究中，利用宏基因组binning有助于获得不可培养微生物的全基因组序列，但存在着组装完整性差，污染率高等问题。

HiFi reads是PacBio公司推出的兼顾长读长和高准确度的测序序列，读长可达15-20Kb，准确性可达99.9%，通过HiFi测序，可以为复杂微生物群体样本中的单菌组装提供又长又准的序列，大幅提升组装效果，有效解决宏基因组组装Contig太短、基因不完整、基因簇破裂问题，打造宏基因组完成图Complete MAGs新概念，并可为复杂微生物组的多方向研究提供高效解决途径。

经典案例-人肠道微生物组的质粒组及可移动元件组的三代宏基因组研究

研究简介：

由于人类肠道具有高度复杂性和多样性，阐明人类肠道中染色体外可移动遗传元件（eMGE，如质粒和噬菌体）的生态和生物学特性仍然具有挑战性。本研究通过PacBio测序技术从12个粪便样本中获得了82个eMGE contigs（2.5-666.7Kb），包括58个新质粒和6个新噬菌体，以及5个末端带有直接重复的crAssphages。拟杆菌属质粒均占主导地位，而抗生素抗性基因主要存在于低丰度变形杆菌属相关质粒中。

【参考文献】：

Suzuki Yoshihiko,NishijimaSuguru,Furuta Yoshikazu et al. Long-read metagenomic exploration ofextrachromosomal mobile genetic elements in the human gut[J]. Microbiome, 2019, 7:119.