外泌体（exosomes）是一种能被机体内大多数细胞分泌的直径大约为30-150nm的具有脂质双层膜的微小膜泡。它广泛存在并分布于各种体液中，携带和传递重要的信号分子，形成了一种全新的细胞间信息传递系统，影响细胞的生理状态并与多种疾病的发生与进程密切相关。2013年，发现细胞囊泡运输的调节机制的科学家们，荣获了当年诺贝尔生理学或医学奖。作为人体内一类重要囊泡，外泌体已成为科研热点。
几乎所有类型的细胞都可以分泌外泌体，同时外泌体也广泛存在于体液中，包括血液、眼泪、尿液、唾液、乳汁、腹水等。目前研究发现外泌体中富含核酸（microRNA、lncRNA、circRNA、mRNA、tRNA等）、蛋白、胆固醇等。外泌体的表面marker主要有CD63、CD81、CD9、TSG101、HSP27等。
外泌体主要功能 外泌体内含有大量蛋白质、脂质、DNA、RNA，可调节多种生理或病理反应，包括有血管生长，肿瘤细胞侵袭与转移、免疫应答等。由于miRNA在基因表达调控上有着重要作用，exosome中的miRNA收到更多的关注。外泌体miRNA通过循环囊泡传递信息，被认为是细胞间信号交流的第三种途径。除了miRNA外，研究表明外泌体中circRNA、lncRNA和蛋白质也参与细胞内的信号调控。 参考文献： 1、 Extracellular Vesicles Long RNA Sequencing Reveals Abundant mRNA, circRNA, and lncRNA in Human Blood as Potential Biomarkers for Cancer Diagnosis,Clin Chem,65(6),798-808,jun2019.2、 Plasma Extracellular Vesicle Long RNA Profiling Identifies a Diagnostic Signature for the Detection of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma,gut,2019 sep27.1. 实验流程 Exosome-RNASeq文库构建主要包括以下几步：外泌体RNA抽提，采用exoRNeasy Serum/Plasma Maxi kit (Qiagen)，根据kit操作步骤，直接得到外泌体RNA，采用Bioptic Qsep100进行质检；进行去除基因组DNA，去核糖体微量RNA建库，经过质检，上机测序
2. 信息分析流程 获得测序原始数据（RawData）后，首先需要对数据进行过滤、去接头序列及对低质量reads进行处理，再对测序质量进行评估，重复检验获得高质量数据（CleanData）。并将CleanData与参考基因组进行比对，对已知mRNA和lncRNA进行定量分析；未比对上的reads采用ACFS分析环状RNA(参考NatNeurosci.2015;18:603-10)。并进行差异基因或宿主基因的功能和通路分析。 1、血浆 （1）建议早晨空腹抽血； （2）抽全血约8mL到EDTA抗凝采血管（紫色 9mL EDTA真空采血管），注意是抗凝管，不是促凝管； （3）抽血后3小时内分离血浆，将全血3000 rpm 室温（或4度）离心10 分钟； （4）收集上清至2.0 mL EP管（或1.5 mL）离心管中，4℃ 13000 rpm 离心10 min，收集上清血浆分装转移至2 ml可立螺旋盖EP管（Corning或BD的）中； （5）置-80℃长期保存。 送样量**在1ml以上。如直接送全血样品，建议送样量在2ml以上。 2、细胞上清 常规离心（3000g 4度离心 10min），再0.22um过滤。 送样量**在40ml以上。 细胞上清样品通过引物检测支原体污染。 目前对于外泌体的鉴定主要有四种方法：透射电子显微镜（TEM）、Nanosight、Western Blot、流式细胞术。
exoRBase由云生物平台协助复旦大学上海肿瘤研究所黄胜林研究员团队构建，该数据库于2018年1月发表在Nucleic Acids Research杂志，文章题为：exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes（下图）。
exoRBase是人类血液外泌体的RNA-seq数据分析的circRNA、LncRNA和mRNA的存储库，还包括已发表文献的实验验证。exoRBase对标准化RNA-seq数据的RNA表达谱进行了整合和可视化，数据涵盖了正常个体和不同疾病患者。数据库网址：http://www.exoRBase.org，网页打开如下图。
数据库网站截图 exoRBase数据库收集和描述人类血液外泌体中所有长的RNA，目前包含58330个circRNA、15501个LncRNA和18333个mRNA，提供了注释、表达水平和可能的来源组织，数据库将定期更新，提供更多的外泌体RNA信息。 数据库收录的样本包括健康对照者32例，冠状动脉心脏疾病（CHD）6例，结肠癌（CRC）12例，肝细胞癌（HCC）21例，胰腺腺癌（PAAD）14例，乳腺癌2例。所有收集到的数据都经过相同的预处理。除此之外，还分析了LncRNA和mRNA在人类组织中的组织特异性，以及circRNA的来源等。每种疾病所对应的各种RNA分子数目如下表：
数据库提供了多种检索途径，可分别检索circRNA和LncRNA或mRNA，还可以通过标本类型、基因类型、组织表达特异性信息等检索选项进行有针对性的检索。
exoRBase数据库概览 数据检索单个基因的界面中可以呈现基因的折线图、热图、基因的概要信息、框图及详细描述等等。
exoRBase数据库为外泌体研究提供了非常好用的查询平台，数据库还提供了数据下载和上传接口，给外泌体领域的研究带来很大的便利。 |
