快递查询
测试调用测试设计Survival生存曲线绘制软件环境微生物多样性软件转录组分析软件转录组软件购买重测序软件环境微生物多样性软件(1)桌面软件中药空间代谢组学检测中药非靶代谢组检测中药入血/入靶成分分析中药成分鉴定检测中药组学ATAC-seqCHIP-seqHi-C测序基因调控OmicsBeanMicrobe Trakr(微生物基因组鉴定分析工具)网页分析系统WEB分析系统澳洲血清 BovineBD科研管KAPAQIAGENThermoFisherMVE液氮罐4titude® 样品管标记系统Hi-C建库试剂盒及基因组组装软件无血清细胞冻存液Cell Freezing Medium纳米流式检测仪lexogen支原体检测试剂盒仪器试剂耗材数据库开发数据中心TCGA生存数据包功能医学报告系统开发PlantArray植物生理组平台特色服务单细胞测序空间代谢组DSP空间蛋白质组Visium空间转录组测序空间多组学类器官基因芯片染色体级别基因组组装Hi-C建库叶绿体、线粒体基因组测序一代测序动植物基因组de novo测序细菌基因组测序真菌基因组测序病毒基因组测序简化基因组遗传图谱测序简化基因组GWAS测序基因组重测序表观组基因分型外显子捕获目标区域捕获简化基因组遗传图谱性状定位扫描图DNA中5-hmC图谱测定全基因组甲基化测序真菌基因组扫描图测序epiGBS-简化甲基化BSA混池测序基因组SSR开发基因组(DNA)UMI-RNAseq转录组测序真核有参转录组测序真核无参转录组测序原核链特异性转录组测序全转录组测序 降解组表达谱芯片circRNA芯片circRNA测序Small RNA测序Lnc RNA测序m6A甲基化测序互作转录组测序UMI-RNAseq转录组(RNA)16S扩增子全长测序Meta-Barcoding(eDNA)技术研究微生物多样性测序宏基因组测序宏基因组Binning分析宏基因组抗性基因测序HiC-Meta宏基因组宏转录组差异表达测序宏病毒组测序环境DNAHiFi-Meta宏基因组肠道菌群临床检测基于肠道菌群检测和移植的肠道微生态学科建设宏基因组元素循环测序微生物组蛋白组代谢组抗体芯片Raybiotech芯片蛋白芯片蛋白芯片ENGINE-生物标志物检测服务ENGINE-抗体特异性服务4D蛋白质组Raybiotech芯片OLINK精准蛋白质组学解决方案常规定量蛋白质组蛋白质组定性分析靶向蛋白质组学修饰蛋白质组学非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学新一代代谢组学 NGM ProLenioBio无细胞蛋白表达系统蛋白和代谢组GC-MS全代谢组LC-MS全代谢组靶向代谢组脂质组学代谢组学反向色谱柱原理的DNA/RNA提取技术分子生物学CRISPR基因编辑细胞定制细胞株构建iPS构建CRISPR/Cas9DNA甲基化修饰细胞FAQ基因编辑切片图像扫描组织芯片免疫组化微量基因组建库专家病理切片数字存档多色免疫荧光组织透明化技术服务病理形态学数据陪护扩增子时序分析基因突变体克隆动物中心小动物疾病模型构建和检测服务基因编辑小鼠动物实验支原体污染检测服务细胞系遗传背景鉴定细胞系鉴定外泌体全转录组测序外泌体分离与鉴定单外泌体邻近编码技术单外泌体蛋白质组学分析服务外泌体专题甲基化焦磷酸测序cfDNA甲基化测序DNA甲基化测序850K甲基化芯片935K甲基化芯片全基因组甲基化测序(WGBS)简化基因组甲基化测序 (RRBS)目标区域甲基化测序 (Targeted Bisulfite Sequencing)甲基化DNA免疫沉淀测序 (MeDIP-seq)氧化-重亚硫酸盐测序 (oxBS-seq)TET-重亚硫酸盐测序(TAB-seq)5hmC-Seal,超高灵敏度的羟甲基化检测羟甲基化免疫共沉淀测序 (hMeDIP-seq)DNA 6mA免疫沉淀测序 (6mA-IP Seq)甲基化专题RNA修饰研究专题免疫印迹(Western-blot)技术服务定量Western检测Simoa单分子免疫分析qPCRCNVSNPPGM测序PCR array数字PCR精准检测ATAC-SeqChIP-SeqRIP-Seq基因调控Ribo-seq核糖体印迹测序技术Active Ribo-seq活跃翻译组测序技术翻译组10x官方发布样本准备样本要求样本取材以及样本编号技巧精简版细胞库组织库动物模型蛋白组代谢组Hi-C单细胞与空间转录组单细胞悬液外泌体Raybiotech蛋白芯片Simoa样本准备样本准备要求表单留言板SaaS 帮助搜索Mac谷歌浏览器2019国自然基金查询生信相关工具集合数据分析项目信息单提交资料分享核酸抽提产品资料转录组软件教学视频微生物多样性软件教学视频Lexogen产品培训视频Olink精准蛋白组学专题项目进度个人中心会员登录会员注册购物车联系我们公众号手机商城公司愿景知识分享
当前位置
外泌体简介
项目流程
样本要求
RNA质检
外泌体检测
相关文献
国自然基金
抽提试剂盒
相关数据库

外泌体(exosomes)是一种能被机体内大多数细胞分泌的直径大约为30-150nm的具有脂质双层膜的微小膜泡。它广泛存在并分布于各种体液中,携带和传递重要的信号分子,形成了一种全新的细胞间信息传递系统,影响细胞的生理状态并与多种疾病的发生与进程密切相关。2013年,发现细胞囊泡运输的调节机制的科学家们,荣获了当年诺贝尔生理学或医学奖。作为人体内一类重要囊泡,外泌体已成为科研热点。

几乎所有类型的细胞都可以分泌外泌体,同时外泌体也广泛存在于体液中,包括血液、眼泪、尿液、唾液、乳汁、腹水等。目前研究发现外泌体中富含核酸(microRNA、lncRNA、circRNA、mRNA、tRNA等)、蛋白、胆固醇等。外泌体的表面marker主要有CD63、CD81、CD9、TSG101、HSP27等。

外泌体主要功能

外泌体内含有大量蛋白质、脂质、DNA、RNA,可调节多种生理或病理反应,包括有血管生长,肿瘤细胞侵袭与转移、免疫应答等。由于miRNA在基因表达调控上有着重要作用,exosome中的miRNA收到更多的关注。外泌体miRNA通过循环囊泡传递信息,被认为是细胞间信号交流的第三种途径。除了miRNA外,研究表明外泌体中circRNA、lncRNA和蛋白质也参与细胞内的信号调控。


参考文献:

1、

Extracellular Vesicles Long RNA Sequencing Reveals Abundant mRNA, circRNA, and lncRNA in Human Blood as Potential Biomarkers for Cancer Diagnosis,Clin Chem,65(6),798-808,jun2019.

2、

Plasma Extracellular Vesicle Long RNA Profiling Identifies a Diagnostic Signature for the Detection of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma,gut,2019 sep27.

1. 实验流程

Exosome-RNASeq文库构建主要包括以下几步:外泌体RNA抽提,采用exoRNeasy Serum/Plasma Maxi kit (Qiagen),根据kit操作步骤,直接得到外泌体RNA,采用Bioptic Qsep100进行质检;进行去除基因组DNA,去核糖体微量RNA建库,经过质检,上机测序

2. 信息分析流程

获得测序原始数据(RawData)后,首先需要对数据进行过滤、去接头序列及对低质量reads进行处理,再对测序质量进行评估,重复检验获得高质量数据(CleanData)。并将CleanData与参考基因组进行比对,对已知mRNA和lncRNA进行定量分析;未比对上的reads采用ACFS分析环状RNA(参考NatNeurosci.2015;18:603-10)。并进行差异基因或宿主基因的功能和通路分析。

1、血浆

(1)建议早晨空腹抽血;

(2)抽全血约8mL到EDTA抗凝采血管(紫色 9mL EDTA真空采血管),注意是抗凝管,不是促凝管;

(3)抽血后3小时内分离血浆,将全血3000 rpm 室温(或4度)离心10 分钟;

(4)收集上清至2.0 mL EP管(或1.5 mL)离心管中,4℃ 13000 rpm 离心10 min,收集上清血浆分装转移至2 ml可立螺旋盖EP管(Corning或BD的)中;

(5)置-80℃长期保存。

送样量**在1ml以上。如直接送全血样品,建议送样量在2ml以上。

2、细胞上清

常规离心(3000g 4度离心 10min),再0.22um过滤。

送样量**在40ml以上。







细胞上清样品通过引物检测支原体污染。

目前对于外泌体的鉴定主要有四种方法:透射电子显微镜(TEM)、Nanosight、Western Blot、流式细胞术。


0dab4b3e130b742d09fa332dccc5707.png


                                             

exoRBase由云生物平台协助复旦大学上海肿瘤研究所黄胜林研究员团队构建,该数据库于2018年1月发表在Nucleic Acids Research杂志,文章题为:exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes(下图)

exoRBase是人类血液外泌体的RNA-seq数据分析的circRNA、LncRNA和mRNA的存储库,还包括已发表文献的实验验证。exoRBase对标准化RNA-seq数据的RNA表达谱进行了整合和可视化,数据涵盖了正常个体和不同疾病患者。数据库网址:http://www.exoRBase.org,网页打开如下图。

数据库网站截图

exoRBase数据库收集和描述人类血液外泌体中所有长的RNA,目前包含58330个circRNA15501个LncRNA18333个mRNA,提供了注释、表达水平和可能的来源组织,数据库将定期更新,提供更多的外泌体RNA信息。

数据库收录的样本包括健康对照者32例,冠状动脉心脏疾病(CHD)6例,结肠癌(CRC)12例,肝细胞癌(HCC)21例,胰腺腺癌(PAAD)14例,乳腺癌2例。所有收集到的数据都经过相同的预处理。除此之外,还分析了LncRNA和mRNA在人类组织中的组织特异性,以及circRNA的来源等。每种疾病所对应的各种RNA分子数目如下表:

数据库提供了多种检索途径,可分别检索circRNA和LncRNA或mRNA,还可以通过标本类型、基因类型、组织表达特异性信息等检索选项进行有针对性的检索。

exoRBase数据库概览

数据检索单个基因的界面中可以呈现基因的折线图、热图、基因的概要信息、框图及详细描述等等。

exoRBase数据库为外泌体研究提供了非常好用的查询平台,数据库还提供了数据下载和上传接口,给外泌体领域的研究带来很大的便利。