RNAseqChIP

根据RNA-seq表达谱分析得到的结果，绘制对应基因启动子区的ChIP-seq信号，观察转录因子对基因的调控影响。一般可应用场景：测了RNA-seq和ChIP-seq，结合转录因子结合情况分析基因表达；只测了RNA-seq，补充相关ChIP-seq公共数据。

基本原理：

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是一种研究蛋白质与染色质结合情况的方法。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

转录组测序RNA-seq，获取的转录组基因表达情况，结合ChIP-seq数据，可以从更宏观的角度分析转录因子调控的对基因表达的影响。

数据要求：

基因列表，ChIP-seq数据。

下游分析：

对得到的聚类基因进行后续分析：

1.不同簇基因的功能富集

2.不同簇基因与性状的相关性分析

图形示例：

1.ChIP-seq聚类热图

图例：左侧为不同类基因类名，下方为基因启动子区结合位点3kb区域。

应用示例：

文献1：Dynamic EBF1occupancy directs sequential epigenetic and transcriptional events in B-cellprogramming（于2018年1月发表在Genes Dev.，影响因子3.331）

EBF1动态占据在B细胞中对序列表观遗传和转录过程的影响

该文献对ChIP-seq数据根据RNA-seq表达情况进行排列展示，展示了EBF1靶向结合位点与EBF1的结合情况及染色质开放情况。

文献2：The histonedemethylase KDM3A regulates the transcriptional program of the androgenreceptor in prostate cancer cells（于2017年5月发表在Oncotarget. ，影响因子3.046）

组蛋白去甲基化酶KDM3A调节前列腺癌细胞中雄激素受体的转录过程

该文献将对敲除KDM3A后KDM3A的ChIP-Seq信号情况、H3K9me1、H3K9me2和雄激素受体绘制了热图，观察KDM3A敲除前后甲基化和雄激素受体作用变化。