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——‍immune-network代码‍

immune-network 免疫网络

肿瘤微环境（TME）是肿瘤周围的环境，包括周围血管，免疫细胞，成纤维细胞，信号分子和细胞外基质（ECM）。肿瘤与周围微环境密切相关，不断相互作用。 肿瘤可以通过释放细胞外信号，促进肿瘤血管生成和诱导外周免疫耐受来影响微环境，而微环境中的免疫细胞可以影响癌细胞的生长和进化。免疫细胞泛指所有参与免疫反应的细胞，也特指能识别抗原，产生特异性免疫应答的淋巴细胞等。主要包括T淋巴细胞、B淋巴细胞、单核细胞、巨噬细胞、粒细胞、肥大细胞、辅佐细胞，以及它们的前体细胞等，是免疫系统的功能单元。肿瘤微环境中免疫细胞之间相互作用形成免疫网络，网络设立可以清晰了解肿瘤微环境中免疫细胞之间的影响机制。

应用场景

用网络图同时展示相关关系、pvalue、聚类/分类结果、跟预后的关系。

- 例如例文中各细胞之间的相关关系、跟预后的关系。

基本原理：

免疫系统遍布全身，涉及多种细胞、器官、蛋白质和组织。它可以区分我们的组织和外来组织自我和非自我。死亡和有缺陷的细胞也会被免疫系统识别和清除。如果免疫系统遇到病原体就会产生免疫反应。

免疫细胞泛指所有参与免疫反应的细胞，也特指能识别抗原，产生特异性免疫应答的淋巴细胞等。主要包括T淋巴细胞、B淋巴细胞、单核细胞、巨噬细胞、粒细胞、肥大细胞、辅佐细胞，以及它们的前体细胞等，是免疫系统的功能单元。肿瘤微环境中免疫细胞之间相互作用形成免疫网络。

术语解读：

TME: Tumormicroenvironment

TMEscore: TMEsignature score（使用PCA算法计算得到，高意味着对病毒和干扰素免疫激活和应答敏感。）   

PCA:Principal component analysis

CIBERSORT:Cell type identification by estimating relative subset of known RNA transcripts

CYT:Cytolytic activity

EMT:Epithelial-mesenchymal-transition

CR: Completeresponse

PR: Partialresponse   

PD:Progressive disease

TMB: Tumormutational burden

数据要求：

各细胞之间的相关关系、pvalue、聚类/分类结果、跟预后的关系表。

图形示例：

图注：节点的颜色代表细胞所属的cluster，节点的大小代表生存分析的log_rank_p，用圆心点的颜色展示HR，连线颜色代表正/负相关，连线的粗细代表相关性Pvalue。

应用示例1：于2019年5月发表在Cancer Immunol Res.，影响因子8.619

文章使用层次凝聚分类hierarchicalagglomerative clustering (based on Euclidean distance and Ward's linkage)定性不同TME细胞浸润模式；采用数据集分析的无监督聚类方法(K-means)确认TME模式，分类病人；采用一致聚类算法确定meta-dataset和ACRG队列中的聚类数量，以评估发现的聚类的稳定性。

病人被分成TMEcluster-A,TMEcluster-B, and TMEcluster-C三组，结合细胞之间的相关关系以及细胞跟预后的关系绘制出免疫网络图。

应用示例2：于2012年4月发表在nature　review.cancer，影响因子51.848

系以及细胞跟预后的关系绘制出免疫网络图。