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circRNA测序服务

环状RNA(circular RNA,circRNA)是在转录过程中,通过可变剪接形成的一类首尾相接的环状RNA分子。高等动物中circRNA的种类和含量远远超过预期。最近的研究发现circRNA可以作为“microRNA海绵”,即竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA),结合胞内miRNA,阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。circRNA也可与蛋白形成复合体调节下游的靶基因。另外,circRNA的表达呈现出很强的组织特异性,也暗示circRNA具有重要的生物学功能。基于Illumina HiSeq平台的circRNA测序能够快检测样本中circRNA的种类并进行表达定量,结合生物信息学挖掘手段,研究circRNA的功能和调控机制。

环状RNA特点

  1. 大多存在于细胞质中,且序列高度保守;

  2. 一般细胞或组织中,环状RNA较稳定,半衰期在48h,其他mRNA(线性)半衰期约为10h。

  3. 不同细胞中表达的环状RNA可能不同;

  4. 同一个基因可能即产生线性mRNA,又可以转录成环状RNA;

  5. 总量估计,外显子环状RNA(exonic circRNA)的量约为polyA mRNA(线性mRNA)的1%;占所有非核糖体RNA的0.8%;

  6. 大部分为ncRNA。

样本要求

  • 样本类型:细胞、新鲜组织或足量total RNA

  • 样品量:≥5ug纯化后的total RNA(需保证提供的细胞及组织样本可以提取到足量RNA),最低浓度不低于50ng/µl

  • 样本质量:OD 260/280值应在1.9~2.2 之间;DNA 应该去除干净,RNA无降解;RIN值大于等于7

  • 样品保存运输:RNA用离心管保存,封口膜封口后用干冰运输,组织样品则用冻存管保存,干冰或液氮运输

实验流程

实验设计——样本取材——RNA抽提——rRNA去除——线性RNA消化——文库构建——测序——数据分析


数据分析

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数据分析内容列表

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