2026-03-16
所用技术作者合作单位区域文章标题发表期刊影响因子中科院分区发表年份发表月份研究内容样本种属样本类型疾病类型科室解读链接CosMx SMI陈海泉复旦大学附属肿瘤医院上海Integrative spatial analysis reveals tumor heterogeneity and immune colony niche related to clinical outcomes in s...
2026-05-15
如何使用loupe对细胞进行手动定义段落引言做过单细胞测序的老师，应该都有一个比较头疼的事情吧，就是对细胞进行定义。虽然现在有很多方法可以对细胞类型进行自动化定义，但是基本还是需要手动校正一下。此外现在自动化注释多为针对人和小鼠，对于其他物种有时候并不是特别好处理，当然也可以通过同源注释的方式进行。今天我给老师们带来一种基于loupe和cellmarker2.0数据库下载的marker基因表...
2026-04-24
文章题目：IGSF11-VISTA is a critical and targetable immune checkpoint axis in diffuse midline glioma.期刊名称：Cancer Cell影响因子：44.5DOI：10.1016/j.ccell.2025.12.020研究背景弥漫性中线胶质瘤（DMG）是儿童最致命的脑肿瘤之一，中位生存期不足一年，目前仍缺乏...
2026-04-20
1 文章详情 文章题目：Spatially Resolved Multiomics Reveals Metabolic Remodeling and Autophagy Activation in Adamantinomatous Craniopharyngiomas中文题目：空间多组学技术揭示造釉细胞型颅咽管瘤的代谢重塑与自噬激活作者：Dongting Chen, Yahui Gao, Y...
2026-04-20
文章详情 文章题目：Integrative spatial analysis reveals tumor heterogeneity and immune colony niche related to clinical outcomes in small cell lung cancer中文题目：整合空间分析揭示小细胞肺癌肿瘤异质性和与临床预后相关的免疫生态位发表时间：2025.2期刊名...
2026-04-20
Microbial signals in primary and metastatic brain tumors实验设计与技术手段CosMx SMI：在胶质瘤（n=19）和脑转移瘤（n=9）TMA（组织芯片）上，使用Human 6K Discovery + 定制16S探针，对近10万个单细胞进行高分辨率成像，精确定位细胞内16S信号并明确其在各类细胞中的分布。GeoMx DSP：在胶质瘤（n...
2026-04-20
本研究采用Visium HD空间转录组技术，在FFPE牙龈组织上实现2×2μm级亚细胞分辨率的转录组捕获。研究共纳入12例受试者，包括健康对照（HC，n=4）、慢性牙周炎（P，n=4）与吸烟相关牙周炎（SP，n=4）。文章结论1.吸烟直接破坏牙龈上皮的屏障结构，使其从保护层转变为病变易感层该图揭示了吸烟对牙龈上皮细胞结构和功能的破坏。研究首先将牙龈上皮细胞细分为四个亚群，并将其空间分布映射回...
2026-04-20
研究设计本研究选取3位心脏移植患者的冠状动脉样本，涵盖从近正常-轻度-中度 -重度的病变连续谱，且保留血管全层结构及周围脂肪组织。1GeoMx DSP使用~18,000探针进行全转录组空间分析选取CD45⁺免疫细胞以及CD4⁺ T细胞用于区分ROI获得空间区域水平的转录组全景2CosMx SMI使用与GeoMx相邻的连续切片采用~970-plex RNA探针（含20个定制的基因）实现单细胞空...
2026-04-17
实验设计与技术手段研究共纳入28例接受NAC（Neoadjuvant Chemotherapy，新辅助化疗）联合曲妥珠单抗治疗的HER2⁺乳腺癌患者，分别收集治疗前穿刺活检样本和治疗后手术切除样本（均为FFPE）。研究在同一患者内实现“治疗前–治疗后”的纵向比较，为动态分析免疫变化提供了基础。研究主要采用NanoString GeoMx DSP平台，在空间水平上对FFPE组织样本进行全转录组...
2026-04-17
研究方法CosMx™ SMI；细胞、动物实验。患者例数：13例非转移PDAC患者，接受了原发肿瘤的手术切除，有或没有新辅助化疗和放疗（CRT），样本为手术切除肿瘤组织。研究结果1、细胞类型降维聚类注释ØSMI数据进行降维、聚类，并注释出恶性，癌症相关成纤维细胞（CAF），内皮细胞，周细胞，血管平滑肌，内分泌，Schwann/nerve，骨髓和淋巴样细胞Ø亚亚群分细胞CAF析确定了五个亚群：炎...
2026-04-17
使用技术：10x 5’scRNA-seq+scTCR-seq+10x Visium+10x Visium HD实验设计空间转录组测序：10X VISIUM 空间转录组：（1）、鼻窦炎患者的对照下鼻甲（CIT）2例（2）、患有鼻息肉的鼻窦炎患者的鼻息肉（NP）3例10X VISIUM HD空间转录组：（1）、鼻窦炎患者的对照下鼻甲（CIT）4例（2）、患有鼻息肉的鼻窦炎患者的鼻息肉（NP）6例...
2026-04-17
近日，10x Genomics公司Sarah E. B. Taylor实验室在《Nature Genetics》（IF：31.7）发表了一篇题为 “High-definition spatial transcriptomic profiling of immune cell populations in colorectal cancer” 的文章。该研究对来自5位结直肠癌患者的FFPE样本...
2026-04-17
样本取样及检测技术① Xenium空间转录组：健康供体9名，IPF患者12名，其他PF患者14名（包括间质性肺病、过敏性肺炎等）；② Visium HD空间转录组：4名患者（1名健康供体，3名PF患者）；③ 单细胞RNA测序：整合已发表的人类肺单细胞数据集进行比较分析；技术路线1.空间原位测序绘制肺组织图谱及纤维化特征利用空间原位检测技术，研究团队对45个远端肺组织样本进行了亚细胞级的空间表...
2026-04-17
淋巴结淋巴管 “大变身”：亚群重组为转移铺路通过单细胞轨迹分析和免疫染色，清晰呈现淋巴管亚群的重塑 —— 展示 LEC 从正常亚群向 CD200+HEY1+ LEC 的分化轨迹，直观对比转移性与非转移性淋巴结中 CD200 + 淋巴管的分布差异，甚至捕捉到癌细胞在 CD200 + 淋巴管内的定位，为 “亚群重组促进转移” 提供直接可视化证据。从临床样本到体外实验层层验证 MGP 的作用 ——...
2026-04-17
来自加利福尼亚大学的Ananda W. Goldrath团队在Nature发表Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted研究。利用空间转录组技术结合计算分析，揭示了 TRM 细胞分化的细胞互作模式。通过空间 CRISPR 技术，进一步探索了细胞因子调控 TRM 细胞分化的作用，为 T 细胞...
2026-04-17
研究背景肝细胞癌(HCC)是肝癌中最常见的组织学亚型，HCC免疫微环境（TEM）与肿瘤进展和免疫治疗效果密切相关。以往研究大多关注TME中不同细胞成分的作用。然而，TME的具体结构及其对免疫治疗疗效的影响仍然未知。近期，中国科学技术大学刘连新教授与上海交通大学叶幼琼教授合作在Journal of Hepatology在线发表题为“Identification of a tumour immu...
2026-04-17
空间多组学技术研究如火如荼，研究工具不断推陈出新。一直以来，以亚细胞分辨率解析组织中RNA和蛋白质的空间分布是空间生物学领域的一个挑战。在2022年AGBT大会上，NanoString发布了最新的单细胞/亚细胞空间多组学创新平台 — CosMx™ Spatial Molecular Imager（SMI）空间原位分子成像系统。CosMx™ SMI是一个完全自动化的集成平台， 能够支持研究者针...
2026-04-17
研究技术样本收集：收集来自27名晚期cSCC患者的肿瘤样本，时间点包括基线（治疗前）、接受1剂后以及接受3-4剂PD-1/PD-L1阻断剂后。技术平台：使用1.7mm组织芯构建组织微阵列，采用Nanostring CosMx平台进行单细胞分辨率空间转录组测序。数据分析：进行细胞类型注释、基因集富集分析、空间聚类以识别不同的空间微环境，并分析这些微环境与治疗反应的相关性。机制探索：对代表性患者...
2026-03-27
压力超负荷诱导的心肌肥大是心力衰竭的关键前驱病变，全球罹患人数超过6400万，严重威胁人类健康。尽管现有研究在经典炎症及纤维化通路方面取得诸多进展，但心肌重塑过程中细胞间相互作用的时空动态规律及关键代谢调控机制仍不清楚，尤其氨基酸代谢在其中的作用长期被忽视，导致靶向治疗策略发展受限。本研究整合空间转录组学与单细胞RNA测序技术，系统描绘心肌重塑的时空图谱，不仅揭示了免疫微环境紊乱的关键时间点...
2026-03-20
单细胞转录组测序分析思路1、过滤低质量细胞后进行无监督聚类2、细胞类型注释：细胞注释的思路首先是对大类进行细胞注释，后对关注细胞类群重新聚类后，进行亚类注释。以下图为例，研究者首先将细胞类群分为髓系细胞、NK&T 细胞、B&浆细胞、上皮细胞、内皮细胞等7大类细胞，后续研究者对髓系细胞和NK&T 细胞又进行重新聚类并进行亚类注释。这种以大及小的细胞定义方式，可以更精细和准确地对细胞进行分类。细...
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