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病毒基因组测序项目

产品介绍

病毒(Virus)由一种核酸分子(DNARNA)与蛋白质(Protein)构成或仅由蛋白质构成(如 朊病毒)。根据遗传物质的组成,将所有已知的病毒分为DNA病毒——单链DNA病毒,DNA病毒——双链DNA病毒,DNARNA反转录病毒,RNA病毒——双链RNA病毒,RNA病毒——单链、单链RNA病毒裸露RNA病毒及类病毒等八大类群。此外,还增设亚病毒因子一类。目前病毒约4000种,设有三个病毒目,64个病毒科,9个病毒亚科,233个病毒属,其中29个病毒属为独立病毒属。亚病毒因子类群,不设科和属。包括卫星病毒和prion(传染性蛋白质颗粒或朊病毒)。一些属性不很明确的属称暂定病毒属。

病毒根据宿主类型的不同,可以分为噬菌体(细菌病毒)、植物病毒(烟草花叶病毒)和动物病毒(如禽流感病毒、天花病毒和HIV等)。

病毒基因组结构简单,一般只含有单一核酸,在探究病毒的毒力系统、病毒的基因组进化与演变历程方面意义深远,可以为揭示病毒流行病变化趋势等提供有力参考。

病毒全基因组测序,是指基于第二代高通量测序技术,对病毒全基因组进行测序,利用生物信息分析手段,得到病毒的全基因组序列,解析编码信息,并获得相应的变异信息。


技术流程

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送样要求

1、分析病毒感染样本血清,-80 ℃保存干冰运输;

2DNA/cDNA总量2ug浓度100ng/ul无降解无粘稠无颜色异常,无RNA/蛋白质污染干冰寄送使用无DNase管存放标记清晰。


应用范围

对全新的病毒进行测序,获得框架图/完整序列

对基因组已知的病毒进行基因组重测序,进行多态性分析

基因预测、功能注释和比较基因组学(SNPInDel. Pan-genome) 分析

多种基因预测软件确保基因预测的准确性


分析示例

全基因组图谱

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全基因组结构变异类型配对图

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物种间进化树

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项目经验

1. A newly recorded Rickettsia of the Torix group is a recent intruder and an endosymbiont in the whitefly Bemisia tabaci. Environmental Microbiology (IF=5.147), 2020.

2. Epidemiological investigation and genomic characterization of Caprine herpesvirus 1 from goats in China. Infection. Genetics and Evolution (IF=2.611) 2019.

3. Isolation and characterization of a bacteriophage and its potential to disrupt multi-drug resistant Pseudomonas aeruginosa biofilms. Microbial Pathogenesis (IF=2.581), 2019.

4. Complete genome analysis of the novel Enterococcus faecalis phage vB_EfaS_AL3. Archives of Virology (IF=2.261), 2019.

5. Isolation and characterization of a bacteriophage and its potential to disrupt multi-drug resistant. Microbial Pathogenesis (IF=2.332), 2019.