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转录组分析软件

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Visual Genomics - RS

v1.1.0 转录组分析软件

按上述两个步骤,完成VG转录组软件的完整安装(推荐)。如果不需要KEGG功能注释,可以不执行步骤二。


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测试数据

测试数据ref-based_test_rawdata.zip,相比软件自带测试数据,数据量相对更大一些。 点击这里查看测试数据详细信息

  • 功能全面:分析内容一网打尽!

  • 权威度高:分析模块均源于公开发表的文献中,广受认可的算法和开源程序!

  • 简单易上手:可视化操作,零基础、无需命令行和编程技能!

  • 快速、高效:一键化完成分析,一键化导出网页结果!

  • 个性化操作:个性化修改样品名、分组信息、个性化编辑数据和图片!

  • 配置要求低:普通电脑配置(8G,2核),即可运行!

快速开始

软件运行配置要求

  • 64位Windows操作系统:Windows 7、Windows 8、Windows 10。

  • 最低8G内存、2核心CPU电脑;推荐16G内存,4核心CPU电脑。

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更新日志

  • 增加数据预处理环节,与Ensembl基因组数据库网站实现无缝对接。 可以直接下载Ensembl 网站上的参考序列、注释信息等数据进行转录组分析, 点此查看具体操作步骤说明(重点)!

  • 增加基于Diamond的KEGG功能注释,需要下载相应的KO数据库, 点此进行下载配置

  • 优化所有定量分析流程,统一输出Count矩阵、FPKM矩阵、TPM矩阵。

  • 增加Kalliso(alignment-free)定量功能,能够极大地提升定量分析速度,建议使用。

  • 增加T检验、秩和检验、方差分析等单一变量统计分析模块。

  • 增加共表达网络分析、随机森林、SVM支持向量机、logistic回归、ROC曲线等多元统计分析模块。

  • 大量分析模块功能和帮助文档优化。

  • 兼容性优化,BUG修复,提升软件运行健壮性。