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简化基因组遗传图谱

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品介

QTL定位——数量性状在遗传上是由很多基因控制的,很大程度上受环境因素影响,控制数量性状的主效基因位点称为QTLQuantitative Trait Locus)。QTL定位就是确定数量性状基因在染色体上的位置的方法。

微卫星标记(Microsatellite)也称为SSR,是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。使用全基因组低深度测序,可以在基因组序列中迅速鉴定SSR序列,并进行批量引物设计,用于SSR标记开发。

单核苷酸多态性(SNP,是基因组水平上由单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性,广泛存在于基因组种,可作为重要的分子标记应用于医学及农业研究。

简化基因组测序技术利用限制性核酸内切酶识别基因组相关位点并进行酶切反应,然后对酶切获得的Tag序列进行高通量测序可快速开发出成千上万的SNPSSR分子标记,用于分子标记开发、群体遗传分析、遗传图谱构建、QTL定位、全基因组关联分析、群体研究与分子育种领域等等。


02

技术流程


简化基因组遗传图谱测序技术流程.png


03

技术优势


  • 微量建库技术,DNA总量只需2ug即可,流程优化,项目周期显著降低;

  • 稳定可靠,已开展简化基因组样本数十万余例

  • 团队人员稳定,项目经验丰富,核心技术人员均9年以上从业经验,经验丰富创新性强,可提供个性化分析服务

  • 流程优化,项目周期显著降低;

  • 结合公共数据库样品信息联合分析,节省成本;

  • 提供基因组数据构建服务,让数据后期利用更加便利。


04

送样要求


  • 样品类型:样品材料或者DNA

  • DNA总量2ug

  • DNA浓度:≧30ng/ul


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分析示例


简化基因组遗传图谱测序实例分析1.png


群落structure


简化基因组遗传图谱测序实例分析2.png


SNP突变频谱


简化基因组遗传图谱测序实例分析3.png



性状相关侯选区域鉴定



简化基因组遗传图谱测序实例分析4.png


遗传图谱连锁群


简化基因组遗传图谱测序实例分析5.png


性状关联分析



项目经验:

[1] Genome resources for climate-resilient cowpea, an essential crop for food security. The Plant journal (IF=6.946), 2017.

[2] The genetic architecture of shoot-root covariation during seedling emergence of a desert tree, Populus euphratica. The Plant journal (IF=6.946), 2017.