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简化基因组GWAS测序

产品介绍

全基因组关联分析(Genome-wide association studies)又称连锁不平衡作图(Linkage disequilibrium mapping)或关联作图(Association mapping),以连锁不平衡为基础,通过分子标记和性状表型进行相关性分析来鉴定与目标性状紧密关联的标记或候选基因。利用RADGBS技术对某物种群体进行测序和全基因组关联分析,与全基因组重测序相比,只获得均匀分布于基因组的酶切位点附近的序列信息,降低了基因组的复杂程度和成本,尤其适合物种基因组大、样本量大的研究项目。此外,基于RADGBS技术的GWAS不受参考基因组的限制,可开发无参考基因组物种性状相关的分子标记,为后期的育种工作奠定基础。  

   

技术流程

简化基因组GWAS测序技术流程.png

首先,对每个样品中的RAD-tag进行比对归类,按照每类tag的深度信息由大到小进行排序,得到每个个体的RAD-tag频数表。

然后,每个样品的RAD-tag内部进行比对得到样品内部的杂合位点信息。

接着,不同样品之间的RAD-tag进行互相的比对,寻找个体之间单碱基差异信息。

最后,综合考虑每个个体RAD-tag的频数表信息和比对信息,过滤掉可能来自重复区域的结果,从而得到高可信度的群体SNP标记基因分型结果。


技术参数


RAD

GBS

ddGBS(双酶切)

DNA总量

1ug

1ug

> 0.5ug

支持内切酶种类

EcoRI, PstI

EcoRI, PstI

EcoRI, PstI, NlaIII组合

测序深度

基因组> 1x

基因组> 0.5x

基因组> 0.25x

周期

30个工作日,个性化分析需要根据实际情况而定

适用研究材料

所有作图群体、自然群体或者BSA极端混池样品



技术优势

  • 微量建库技术,DNA总量只需2ug即可,流程优化,项目周期显著降低;

  • 稳定可靠,已开展简化基因组样本数十万余例

  • 团队人员稳定,项目经验丰富,核心技术人员均9年以上从业经验,经验丰富创新性强,可提供个性化分析服务

  • 流程优化,项目周期显著降低;

  • 结合公共数据库样品信息联合分析,节省成本;

  • 提供基因组数据构建服务,让数据后期利用更加便利。


分析示例

简化基因组GWAS测序分析示例1.png

性状关联分析


简化基因组GWAS测序分析示例2.png

构建个体间进化树

简化基因组GWAS测序分析示例3.png

PCA主成分分析

简化基因组GWAS测序分析示例4.png

群体structure分析

简化基因组GWAS测序分析示例5.png

DAPC主成分判别分析

简化基因组GWAS测序分析示例6.png

构建群体间进化树