Sequenom MassArray甲基化检测

　　将待测DNA经过亚硫酸盐处理，通过PCR扩增过程引入T7启动子序列，经T7 DNA聚合酶的体外转录过程得到各样本RNA产物，经碱基特异性酶切处理，得到RNA小片段，并用飞行质谱检测每个片段的分子量，最后EpiTYPER程序完成数据的自动化处理并报告每个检测片段的甲基化程度。

技术优势

·   检测片段长：扩增片段长度可达500bp

·   高灵敏度：可发现低至5%甲基化水平，样本起始量低至10 ng。

·   重复性好：变异系数CV≤5%。

·   高性价比：用384孔板进行PCR反应，一个扩增产物可以进行多重CpG位点分析，无需后续验证，可直接用于文章发表。

服务内容

1. 根据客户提供的序列信息进行预评估；

2. 进行样本DNA的分离、纯化、质检及亚硫酸盐修饰。

3. 使用特殊设计的一对引物扩增样本，得到带有T7 RNA聚合酶启动子序列的扩增产物。

4. 在体外转录体系中，利用T7 RNA聚合酶，将扩增产物转录为RNA片断。

5. 利用RNase A能够特异性识别并切割RNA中U 3’端的特性，将RNA片断切割成携带有CpG位点的小片断。

6. 使用sequenom®MassArray飞行质谱分析系统检测产物。由于同一片断中，只有CpG和CpA之间16Da的分子量差别，即质谱图中两者峰的差距。

待测序列评估案例展示

注：图中序列为正向序列，圆点代表CpG位点。蓝色标记的CpG位点，可以检测到。红色标记的CpG位点，因序列问题，无法检测到。

实验结果展示

注：每个位点的甲基化程度另附Excel表格。