小基因组主要包括线粒体、叶绿体、病毒、质粒等，由于这些基因组大小通常小于1M，因此统称为小基因组。基于高通量测序技术，对小基因组进行全基因组测序，可以得到其全基因组序列，并预测其重要的功能基因。基于全基因组序列，对于线粒体/叶绿体可以进一步研究物种分类、进化关系等；对于病毒、质粒则可以进一步研究致病性、与宿主的相互作用等。

产品类型

    小基因组扫描图：构建Illumina PE（400bp）文库，利用Illumina（Miseq/Hiseq）平台测序，de novo 组装后进行生物信息分析；

    小基因组完成图：构建PacBio（~10K）文库，利用Pacbio RS II平台测序，de novo 组装后获得基因组完成图并进行生物信息分析；

实验流程

生信分析流程

生信分析内容

1、承诺指标

      小基因组扫描图：基因组覆盖度大于95%，基因区覆盖度大于98%；单碱基平均错误率低于十万分之一；

     小基因组完成图：0 GAP，1 contig；单碱基平均错误率低于十万分之一；

2、项目周期

      小基因组扫描图：20-25个工作日；

     小基因组完成图：45-55个工作日；

3、送样要求

      1) 样品类型： DNA；

      2) 样品需求量：小基因组扫描图：基因组DNA ≥2μg ；小基因组完成图：基因组DNA ≥10μg；

      3) 样品浓度：≥30ng/µL；

      4) 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解，无污染；

      5) 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输；

褐藻Saccharina japonica叶绿体全基因组结构特征及其比较基因组分析

　　本文对褐藻Saccharina japonica的叶绿体进行全基因组测序，研究了其结构特征；同时构建了含有40种叶绿体蛋白的数据集和26种叶绿体蛋白的数据集，基于两种数据集与Fucus vesiculosus和Ectocarpus siliculosus的叶绿体基因组进行了比较基因组分析。

图1 S. Japonica的叶绿体基因组圈图

案例二：大豆的线粒体基因组测序研究

　　大豆线粒体基因组根据酶切多态性可以分为四类，且有4.8kb的大片段重复，基因组大小约392kb。目前，豆科植物中，绿豆（Vigna radiata）、百脉根（Lotus japonicus）和水黄皮（Millettia pinnata）线粒体基因组已被测序，这些基因组都比大豆简单。本文对大豆线粒体基因组进行测序，结果显示大豆线粒体基因组结构是目前种子类植物中最复杂的，而且大豆核基因组、线粒体、叶绿体基因组之间存在DNA的水平转移。

图1 大豆线粒体基因组圈图

参考文献

[1] Wang XL, Shao ZR, Fu WD, Yao JT, Hu QP and Duan DL. Chloroplast genome of one brown seaweed, Saccharina japonica (Laminariales, Phaeophyta): Its structural features and phylogenetic analyses with other photosynthetic plastids. Marine Genomics,2013,10(2):1-9.

[2] Chang S, Wang Y, Lu J, et al. Correction: The Mitochondrial Genome of Soybean Reveals Complex Genome Structures and Gene Evolution at Intercellular and Phylogenetic Levels.Plos One, 2013, 8(2):e56502.