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Hi-C测序样本准备指南

Hi-C技术以细胞为研究对象,研究整个细胞核的染色体空间构象,细胞的数量要达到2.5×107个,获得大量细胞的方法主要是两种:

1. 培养细胞系

培养细胞系,适用于易于培养的细胞系,例如成纤维细胞等。在体外培养细胞系首先将组织分离成单细胞,分选出所需培养的细胞类型,随后将细胞在体外培养成细胞系。在体外培养必须能够维持和模拟细胞在体内生存的良好环境和物质代谢过程,所以需要严格的细胞培养条件,以及符合特定细胞的环境,同时培养细胞花费时间较长。

主要适用的细胞系类型:成纤维细胞、表皮细胞、上皮细胞、肌肉细胞等。

寄送方式:在细胞寄送之前,建议客户进行污染鉴定并提供鉴定结果,以避免由于存在污染造成实验失败或者数据浪费。建议老师寄送固定好的细胞系,固定好的细胞-80过夜后干冰保存寄送。

2.  从组织直接分离细胞

通过组织分离细胞相对体外培养细胞系的优势:

1.   操作过程时间短

2.   花费少,无需提供和维持生存的良好环境和物质代谢所需的条件。

3.   组织样本可直接获得所需细胞类型,能更好的还原细胞内的实际结构,保真性更强,而在体外细胞培养过程中,细胞会有一定的变化,尤其在经历较多次传代后。


植物群体细胞Hi-C测序样本要求

产品类型

文库类型

送样要求

动物Hi-C测序

Hi-C文库

样本处理:细胞/组织需要进行甲醛交联固定。

样本运输:大体积干冰运输。

送样量:一般来讲,2.5*107个细胞能够满足制备一个标准的Hi-C文库,建议培养5*107至1*108个细胞用于固定,以保证实验的可重复性。由于细胞数量会影响Hi-C文库的复杂度,因此需要尽量精确的统计细胞数量。组织样本,一个文库需要的DNA量为15-20ug。


植物群体细胞Hi-C测序样本要求

产品类型

文库类型

送样要求

植物Hi-C测序

Hi-C文库

样本处理:细胞/组织需要进行甲醛交联固定。

样本运输:大体积干冰运输。

送样量:一般来讲,2.5*107个细胞能够满足制备一个标准的Hi-C文库,建议培养5*107至1*108个细胞用于固定,以保证实验的可重复性。由于细胞数量会影响Hi-C文库的复杂度,因此需要尽量精确的统计细胞数量。组织样本,一个文库需要的DNA量为15-20ug。


Hi-C辅助基因组组装样本要求

产品类型

文库类型

送样要求

Hi-C辅助基因组组装

Hi-C文库

样本处理:细胞/组织需要进行甲醛交联固定。

样本运输:大体积干冰运输。

送样量:一个文库需要的DNA量为15-20ug。


捕获Hi-C测序样本要求

产品类型

文库类型

送样要求

捕获Hi-C测序

Hi-C文库

植物样品:

样本类型:交联后细胞/组织样本、交联后细胞核样本、未交联新鲜植株。

取样要求:新鲜活体植株上的目标组织,推荐取较为幼嫩的叶片、根毛、茎等部位,便于充分交联。

动物样品:

样本处理:一般来讲,2.5*107个细胞能够满足制备一个标准的Hi-C文库,建议培养5*107至1*108个细胞用于固定,以保证实验的可重复性。由于细胞数量会影响Hi-C文库的复杂度,因此需要尽量精确的统计细胞数量。组织样本,一个文库需要的DNA量为15-20ug。