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真核无参转录组测序

产品介绍

真核生物转录组(无参)测序,是获得真核生物特定组织或细胞在某一状态下转录出来的RNA的原始测序数据,质控后进行组装获得unigene,并以此为参考序列进行后续的功能注释、SNPSSR标记开发等分析,以及多个样本的差异基因表达分析和差异基因功能富集分析等,发现新的功能基因,为进一步研究提供技术支撑。

针对真核生物,我们采用Illumina TruseqTM RNA sample prep Kit方法构建文库,其流程如下图所示:

真核无参1.png

针对无参考基因组的转录组研究,获得RNA-seq高质量测序数据后需要将所有测序读段通过从头组装生成重叠群(contig)和单一序列(singleton, 此项分析是后续处理及生物学功能分析的基础。 Trinityhttp://trinityrnaseq.sourceforge.net/ , 版本号:trinityrnaseq-r2013-02-25) 是目前适用于Illumina 短片段序列组装的一款比较权威的软件,使用该软件对所有clean data进行从头组装


技术流程

(改)真核无参转录组测序.jpg


技术优势

1.可检测未知基因,发现新的转录本;

2.丰富的项目经验,组装和注释全方位分析基因表达水平和结构信息;

3.无需了解物种的基因或基因组信息,便可直接对任意物种进行全面的转录组分析。


送样要求

RNA总量:≥2ug

RNA浓度:≥100 ng/ul

RIN值:≥7.0


分析示例

01

GO多级分类注释分布饼图

真核无参案例1.png


02

KEGG注释统计

真核无参案例2.png


03

差异基因可视化散点图及火山图

真核无参案例3.png


04

上下调差异基因GO注释柱形图

真核无参案例4.png


05

SSR的分布情况

真核无参案例5.png


06

差异基因共表达网络图

真核无参案例6.png