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RIP-Seq

RIP-Seq介绍

RIP-seq RNA Immunoprecipitation是研究细胞内蛋白与RNA相互作用的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能更有效地发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。
RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀RIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物,因此RIP实验的优化条件与ChIP实验并不相同。RIP实验下游结合二代测序技术称为RIP-seq,通过高通量测序和分析,深度解析与目标蛋白相互结合的RNA的区域或种类和相互作用强弱。

应用领域

1.高效获取蛋白所结合的RNA,在全转录组范围得到与蛋白有相互作用的RNA,包括mRNA、lncRNA、circRNA、microRNA。
2.准确获取蛋白结合RNA的特征,通过RNA结合区域的富集得到蛋白结合的RNA位置。
3.通过motif分析获取蛋白结合序列的偏好性。

技术优势

1. RIP-seq是目前公认的最有效的确定蛋白质在细胞自然状态下与RNA结合的研究手段,可以有效的鉴定一个蛋白是否是RNA结合蛋白以及RNA结合蛋白与哪些RNA直接作用,并确定其结合位点。
2. RIP-seq可从全转录组范围研究蛋白与RNA的相互作用,得知相互作用RNA的类型。
3. RIP-seq分辨率高,可通过分析可得知与蛋白作用的RNA序列。

实验流程