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蛋白质组定性分析
蛋白质组定性分析

Qualitative analysis of proteomics

蛋白质纯定性分析实验主要是利用液质联用仪对酶解后的肽段进行检测,然后与对应物种的蛋白序列库进行比对,得到该样品中存在哪些蛋白,以及这些蛋白的肽段序列、等电点等信息。

此类服务主要包括以下内容:

  • 蛋白样品/胶条/IP蛋白产物等形式的样品处理(蛋白酶解、除盐等)

  • 质谱检测

  • 数据库检索

  • 检索结果及数据报告

产品介绍

The service content

LC-MS/MS蛋白质谱鉴定技术


co-ip/Pull down/SDS-Page条带等蛋白溶液---LCMSMS鉴定

胶条鉴定是目前使用最广泛的蛋白质组学研究手段,聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE,Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis)分离蛋白质混合物,收集目的胶条,经胶内酶解后用于质谱分析以获得蛋白质信息。

实验原理

采用LCMSMS技术进行蛋白胶条鉴定,并对胶内酶解法进行系列优化,通过与数据库的检索,推断得到与之可能性最高的匹配蛋白。


技术的特点

技术优势


成本低

②实验步骤简单高效;

③质谱分析所需时间短;

产品特点

①服务周期短,15个工作日可交付结果;

②完善的售后服务,可免费提供一定数量的原始数据谱图;

③除原始数据外,可提供不同需求的数据格式转换。

实验流程

样本要求


送样要求

蛋白干粉,胶条封存于ep管内,4℃(冰袋)运输;溶液样本干冰运送

仪器设备


Thermo Q-Exactive高分辨质谱


1.如何来判定哪些蛋白是和自己研究相关的蛋白,挑选什么样的蛋白来进行后期的验证实验?

需要研究人员根据自己研究的相关生物学背景,再结合生物信息学分析的结果,以及查看相关的文献资料来确认哪些蛋白可以用于后续深入的研究。后期的蛋白验证实验,一般情况下是根据客户的需要,结合课题本身,在所筛选到的差异的蛋白中,找到自己关注的蛋白。并且在挑选的时候尽量挑蛋白可信度高的、差异变化较明显的蛋白。PS:目前验证实验的成功率比较低,一般情况下能有50%的概率已经是非常好的结果。

  1. 2.做蛋白鉴定时,检索时为什么同一个编号对应了很多蛋白质?

因为一个蛋白家族中常常含有多个同源性很高的蛋白质,这些蛋白质被酶切之后,很可能会产生很多相同的肽段,软件在进行定性分析时,就会将这些肽段均归于得分最高的那种蛋白质,其他同源蛋白不计分,并且这些同源蛋白都采用同一编号。

  1. 3.蛋白质谱鉴定不成功一般有哪些因素?

质谱鉴定不成功主要可以分为两类,一类是质谱效果不好,一类是没有可参考的蛋白数据库,质谱效果不好的原因又可以细分为蛋白点太淡以至于蛋白含量过低(常见银染的点)、蛋白酶解及质谱操作失误等,要避免这些因素需要尽量取颜色深一些的蛋白点,并且取的蛋白点面积需要适当大一些,对于某些很小但很清晰的蛋白点,取点的时候可适当选择孔径大一些的枪头,把边上空白处适当取到一些也不要紧,避免取点混入其他的蛋白点。其次,由于没有合适的数据库导致的鉴定效果较差,可以通过更换范围更大的数据库、近缘物种数据库、采用相关研究物种的蛋白、EST数据库等构建本地数据库的方式进行解决。