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代谢组样品准备指南

样品类型

非靶向最低送样量

靶向最低送样量

动物组织

200mg

200mg

样本收集

参考步骤

1.如果组织上有血,先用用生理盐水漂洗掉;

2.根据具体实验设计取特定的部位,200mg/管装入标记好的离心管中;

3.迅速放入液氮中冷冻处理至少15min;

4.-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。
注意:对于类似斑马鱼大脑组织、小鼠海马组织等单个实验动物组织重量远低于100mg的情况,可混样。

粪便或肠道内容物

200mg

200mg

样本收集

参考步骤

1.收集到新鲜粪便或肠道内容物样本;

2.添加一滴(约10uL)质量体积比为1/100(w/v)的叠氮化钠,分装样本200mg/管;

3.迅速放入液氮中冷冻处理至少15min;

4.-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。

注意:

1.叠氮化钠的作用是防腐杀菌,有毒,请万分小心;

2.由于粪便/肠道内容物中有非常多的微生物,微生物代谢速度非常快,所以反复冻融会对代谢水平有非常大影响。强烈建议样本收集后,分装冻存。

尿液

1ml

1ml

样本收集

参考步骤

1.晨起中段尿(临床)或晨间1h尿(动物)直接分装到离心管中,每管1mL;

2.添加质量体积为1/100(w/v)的叠氮化钠,

3.-80℃冰箱冻存,足量干冰寄送。

注意:

1.动物1h尿量不够,可分多次收集,如果需要收取24h尿液,请使用带有低温装置的代谢笼收取,并添加叠氮化钠;

2.叠氮化钠的作用是防腐杀菌,有毒,请万分小心。

微生物

10^8

10^8

样本收集

参考步骤

1.准备淬灭试剂:配制 60%甲醇水(v/v,需要 2mL/管,可根据样本数量来计算所需总量),-40℃预冷备用;

2.淬灭:取2mL预冷的甲醇水置于5mL离心管中(建议干冰上操作),取出2mL菌液迅速加入到淬灭试剂中,手摇动混匀5s(不要用涡旋);

3.将淬灭好的菌液进行离心,3000rpm,10min,4℃;

4.去除上清;

5.足量干冰寄送(如需长期保存请冻存到-80℃冰箱内)。

注意:

1.微生物代谢速度非常快,所以所有的步骤需要尽快完成;

2.菌体数量不同样本间需要保持一致;

3.一般OD600≈0.6 时,细菌处于生长指数,其浓度为 10^8cells/mL。此标准为经验值,需根据自己实验室具体情况进行调整。

植物根

200mg

1-2g

样本收集

参考步骤

1.取整株植物的根部,迅速用1×PBS 漂洗掉根上的泥土;

2.根据具体实验设计取植株根特定的部位,200mg/管装入离心管中;

3.标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少15min;

4.-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。

注意:

1.PBS 漂洗时间要尽快;

2.由于大部分根部组织比较脆弱,被挤压后会变成浆糊状,所以推荐保存至离心管中,而不是锡箔纸包裹。

微生物培养液

1ml

1ml

样本收集

参考步骤

方法一:培养好的菌液混匀后,取10mL菌液,用0.2μm孔径的过滤膜进行快速抽滤,去除菌体。将滤液按 1mL/管进行分装,冻存到‐80℃冰箱内,足量干冰寄送。
方法二:培养好的菌液混匀后,取2mL菌液,3000rpm,4℃离心10min,取上清,冻存到‐80℃冰箱内,足量干冰寄送。

果实、种子

200mg

1-2g

样本收集

参考步骤

1.对于含多汁、块头较大的果实(番茄、西瓜、苹果等)需要先用锋利的刀分割成“均匀”合适的小块(≈200 mg/管)分装至 2mL 离心管中,标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。
2.对于细小的颗粒种子(拟南芥种子、谷物种子等),可以先将同一组的植株种子混匀后再分装(≈200 mg/管)至 1.5mL 离心管中。标号后迅速放入液氮 中冷冻处理至少15min。

3.对于要求对整个果实进行提取的(整粒葡萄等),需要把果实装在 50mL 离心管中/自封袋中,标号后(同时放入自封袋中标签纸,注明样本信息)迅速放入液氮中冷冻处理至少  15min。

注意:

1.对多汁的果实进行取样很难保持均一性(如番茄、皮、果肉、果瓤、籽的占比),强烈建议将整个果实进行研磨、冻干,对粉末进行称重分装。
2.不推荐用锡箔纸包裹。

贴壁细胞

10^7

10^7

样本收集

参考步骤

1.快速倒掉培养基,倒入PBS(若用移液枪加,则靠着培养皿壁加入,以免将细胞冲起),清洗一次,倒掉PBS。2.用移液器吸尽残余的PBS,将培养皿底部(外壁)接触液氮,淬灭细胞,

2.加入500微升甲醇-水(4:1,V/V),用细胞刮刀将细胞刮下,用移液枪转移至1.5 mL的离心管中,

3.再向培养皿中加入500微升甲醇-水(4:1,V/V),将剩余的细胞尽量全部转移至1.5 mL的离心管中,-80度冻存。

悬浮细胞

10^7

10^7

样本收集

参考步骤

1.连同培养基转移到进口的15 毫升的离心管中,低速离心,使细胞沉淀于离心管的底部(1*107个细胞为宜)。

2.倒掉培养基(尽量倒干净)后(可以用PBS快速清洗一次,再次离心,倒掉PBS(尽量倒干净))。

3.将离心管的尖端插入液氮中,淬灭细胞,然后-80度冻存,干冰邮寄,每个样品**准备两管。

(注意,可以先拿空离心管的尖端插入液氮中试试离心管的质量,如果不破则没问题,如果插入液氮中就破了,那么就省掉淬灭这一步,倒掉PBS后,直接-80度冻存,操作尽量迅速,培养基尽量倒干净,如有滤纸,那么用滤纸条将底部残留的培养基吸尽是**。)

血清

200ul

200ul

样本收集

参考步骤

1.用离心管收集血液,37℃(或室温)静置 1h 进行凝固分层;
2.3000rpm 室温 离心10min,取上清转至干净的离心管中;

3.12000rpm 4℃离心10min,取上清分装到1.5mL  离心管中,每管 0.2mL;

4.-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。

注意:

1.取血时如用酒精消毒,请擦干擦拭部位,待酒精完全挥发后再取样。  

2.取血时如用麻醉剂,建议用异氟醚  ,防止在 NMR 血清谱图中出现干扰峰。

3.血清参考产率:30%~50%(例如:1mL 全血大约能得 0.3~0.5mL 血清)。    

4.采全血时如使用真空采血管,请务必使用无预加抗凝剂的凝血管。
5.强烈推荐尽量多的收集样本并分装冻存(这样可以用于多个实验,且避免反复  冻融)

血浆

200ul

200ul

样本收集

参考步骤

1.用肝素钠抗凝管采集全血,并尽快进行血浆分离;
2.3000rpm 室温离心10min,取上层,0.2mL/管分装至1.5mL离心管中;

3.-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。

注意:

1.对于抗凝管的选择:推荐使用肝素钠抗凝管(因为柠檬酸是TCA循环中的重要物质,使用柠檬酸钠抗凝剂会引入外源污染。而EDTA会影响 NMR采谱。但肝素钠会对 RNA 相关实验有负面作用,主要是因为会抑制反转录酶活性。请根据自身具体情况选用合适的抗凝管)。
2.最后分装保存推荐使用1.5mL离心管,因为螺口冻存管管帽内有一个橡胶垫圈,目的是为了密封。但是长期在-80℃/干冰低温下,橡胶圈会变硬脆,易脱落,导致密封不严,样本泄露。    

3.血浆参考产率:≈50%(例如:1mL全血大约能得   0.5mL 血浆)。

叶片、茎、花

200mg

1-2g

样本收集

参考步骤

1.取整片叶片/一段茎/一朵花,用锡箔纸包裹并标记后,迅速放入液氮中冷冻处理至少 15min。

2.取出后迅速放入自封袋中(每组一袋),在自封袋中放入标签纸注明样本信息。

3.迅速放入-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。
注意:

1.采集叶片样本时,**在中午光照好的时间收集。  

2.要根据实验设计,采集样本时保持样本一致性,尤其是同一组样本(颜色、衰  老程度、叶脉占比、光照、位置等)。  

3.由于锡箔纸上marker笔标记容易模糊,所以需要在自封袋中放入标签纸注明。