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宏病毒组测序

产品介绍

发现和鉴定新病毒以及确定新病毒与疾病的关系是预防、诊断和治疗新发病毒性传染病的首要任务。高通量测序技术突破了传统技术方法的局限,可以直接以标本中所有的遗传物质为研究对象,从而能够快速地鉴定出标本中存在的病毒,形成了一门研究特定环境中病毒群落的新兴学科:病毒宏基因组学(宏病毒组)

传统意义上有很多用于发现新病毒的方法,如病毒分离、核酸检验、血清学试验等,但它们都有一定的局限性。但利用高通量测序发现新病毒具有信息量大、对标本所含信息无偏倚、操作较简单、检测成本较低等独特优点,使得该技术已成为目前病毒发现中最为重要的技术之一,其在病毒诊断、溯源、预警等方面具有实用意义。

病毒宏基因组测序,又叫宏病毒组测序(Virome),是直接以环境样本中所有病毒的遗传物质为研究对象,记性病毒分析生物学检测的技术,能够快速准确的鉴定出环境中所有病毒的组成,在病毒发现、病毒溯源、微生物预警研究等方面有重要作用。

2018年,全球病毒组计划 (The Global Virome Project) 启动,旨在鉴定出地球上大部分未知病毒。丰富病毒参考数据库如NCBIJGI,构建新的海洋病毒数据库(GOV)。病毒组序列鉴定分类,对于研究病毒与宿主功能互作意义重大!

技术流程


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分析策略


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应用范围


直接或间接参与地球生物化学循环

调控寄主群落结构

病毒与寄主共进化推动地球生态系统的多样性

宏病毒样本类型及要求


Sample type

Volume or weight

Range of nucleic isolation (ng)

Seawater DNA viruses

100 liter

20-200

Human feces DNA viruses

500 g

500-3,000

Human feces RNA viruses

500 g

140-500

Marine sediments DNA viruses

1 g

50-100

Microbiolites DNA viruses

1 g

50-100

Coral tissue DNA viruses

1 g

60-100


分析示例


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多样本物种分布条形图


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相关性heatmap


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多样本RDA/CCA分析


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STAMP 分析(样本间)