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KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因与基因组百科全书）是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据库，旨在揭示生命现象的遗传物质与化学蓝图。它是由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立，是国际最常用的生物信息数据库之一，以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。

KEGG的网址：https://www.kegg.jp/。

1. KEGG数据库

KEGG是一个综合数据库，它们大致分为系统信息、基因组信息、化学信息和健康信息四大类。进一步可细分为15个主要的数据库。

KEGG PATHWAY是最核心的数据库之一，该数据库是一个手工画的代谢通路的集合，包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络。

代谢（Metabolism），遗传信息处理（Genetic Information Processing），环境信息处理（Environmental Information Processing），细胞过程（Cellular Processes），有机系统（Organismal Systems）,人类疾病（Human Diseases），药物开发（Drug Development），该表只列出了部分代谢通路，详细的代谢通路信息见：https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html。

2. KEGG通路中ko和K等编号说明

例如：

ko04010 -> KEGG Ontology

hsa00010 -> 人特有代谢通路

M00072 -> MODULE

K10258 -> KEGG orthologs

rn00110 -> pathway Reaction

R00259 -> KEGG Reaction

C00083 -> compound

EC:1.3.1.93 -> enzyme

3. 如何理解KEGG通路-ko

查询KEGG的代谢通路的具体信息，以ko04010为例。

查询结果如下：

其中长方形节点表示基因产物（如酶或一些RNA调节子），所有蓝色背景的基因产物都属于KEGG ORTHOLOGY（KO）分类体系（序列高度相似，并在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组KO），而白色背景的基因产物则不在KO分类体系之列。

通路中每个元素类型说明：

数据来源：

https://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html

4. 如何理解KEGG的蛋白和酶促反应编号

查询KEGG的蛋白质或者酶分类编号的具体功能描述和参与代谢通路方法如下，以K10258为例。

查询结果如下：

查询KEGG的酶促反应编号的具体信息如下，以R00259为例。

查询结果如下：

5. 蛋白序列在线KEGG注释

在基因组研究中，特别是当组装了一个新物种的基因组，我们首先要做的就是注释，从而大致推断这些基因的功能。KEGG提供了在线注释功能，进入KEGG中自动注释工具界面，KAAS(http://www.genome.jp/tools/kaas/)，如下图，以KAAS job request(BBH method)为例。