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真菌基因组测序项目

产品介绍:

真菌基因组测序,可分为真菌基因组扫描、真菌基因组精细图真菌基因组重测序。

真菌基因组扫描,即通过高通量测序技术,对已有参考基因组或无参的真菌样本进行测序,获得真菌基因组框架图的研究。并可基于真菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。

菌基因组精细图测序,即从头测序是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个菌物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼装,目前常用二代测序结合三代测序,可获得基因组精细图,下游可基于真菌基因组精细图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。

真菌基因组重测序,基于已知参考基因组的真菌物种进行高通量测序研究,一般重点关注基因组变异(SNPInDel等)情况,亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失(InDel, Insertion/Deletion)、结构变异(Structure VariationSV)等变异信息。

菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制,已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。


技术优势:

拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠;

拥有多种测序平台和强大的计算机资源,提供**的测序解决方案和快速的数据分析平台;

技术人员经验丰富,可根据客户需求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果;

拥有专业的生物信息团队,可提供个性化的生物信息分析服务;


技术策略:


细菌基因组扫描/重测序

细菌基因组完成图

测序

策略

Illumina PE150 5Gb

Illumina PE150 5Gb+ 三代(100x)

结果

特点

 可获得基因组框架图并开展多数据库注释、比较基因组等研究。

   Scaffold N50>300k90%以上的contigscaffold能够定位到染色体上可提供多种高级分析选  项,并支持个性化分析方法评估,助力科研深入。



技术流程:

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图    真菌基因组扫描项目分析流程

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图    真菌基因组精细图项目分析流程



送样要求:

Total DNA20 μg;浓度≥20 ng/μL ;纯度OD260/2801.8-2.0之间

DNA完整无降解,无RNA、蛋白质、多糖等污染。



分析示例:

COG功能分类统计:

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GO功能注释统计:

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比较基因组共线性分析:

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全基因组结构变异类型配对图:

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直系同源基因venn图:

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系统进化树:

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项目经验(部分客户文章)

1. Population genomics and evolution of a fungal pathogen after releasing exotic strains to control insect pests for 20 years. ISME (IF=9.693),   2020.

2. Phylogeny of dermatophytes with genomic character evaluation of clinically distinct Trichophyton rubrum and T. violaceum. Studies in mycology(IF=11.663), 2018.