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EXCEL小技巧助力转录组数据挖掘

下面,咱们就来看看用EXCEL的函数,简单快捷的实现,将多个表格里面,相同的基因ID对应的信息整理在一起。






1




首先通过差异倍数或者GO和KEGG的富集分析结果,挑选出一些目的基因,示例如下:






2




添加表达量信息,打开expression表格,总表中是所有基因的reads count和FPKM,我们将FPKM添加到目的基因表格中:






3




在1中的表格的B列,输入=VLOOKUP(可以将不同表格对应起来的值需要对应的信息所在的表格对应后需要输出的信息在表格的哪一列匹配时使用精确匹配)

对应在表格中即为=VLOOKUP(A2(即1中的基因ID,因为两个表格可以对应的是基因ID),[Expression.xlsx]Sheet1!$A:$F(需要对应的是Expression.xlsx表格的Sheet1的A-F列,也可以选择全表),4(即需要输出的是**个样本的FPKM值,该结果在选中的表达量的表格的区域,在第4列的位置),FALSE(即匹配时使用精确匹配))

这样就可以直接目的基因在获得KB样本的FPKM值,同理可以在下一列输入:

=VLOOKUP(A2(即1中的基因ID,因为两个表格可以对应的是基因ID),[Expression.xlsx]Sheet1!$A:$F(需要对应的是Expression.xlsx表格的Sheet1的A-F列,也可以选择全表),6(即需要输出的是第二个样本的FPKM值,该结果在选中的表达量的表格的区域,在第6列的位置),FALSE(即匹配时使用精确匹配)),从而获得F列Gab样本的FPKM:






4




按照相同的方法,可以将基因的注释也加入到**部分的目的基因表格中,需要的信息在annotation表中的话,注释表格如下:

输入:

=VLOOKUP(A2(即1中的基因ID,因为两个表格可以对应的是基因ID),[Annotation.xlsx]Sheet1!$1:$1048576(需要对应的是Annotation.xlsx]表格的Sheet1的全表),7(即需要输出的基因的名字,该结果在选中的表格的区域的第7列的位置),FALSE(即匹配时使用精确匹配))






5




**行的**个基因需要的信息均调取过来后,可以点击单元格的右下角,出现“+“后,双击,即可获得所有行的信息:

按照以上的方法,基本可以实现同一个基因,在不同表格中的信息的调取,不管是表达量,注释信息还是其他的对应信息都可以按照此方法操作,如此实用的技巧赶紧get起来!!







!!!但是需要注意的一点!!!


一定要保证,做对应关系的值,即上文所说的基因ID,也可以是其他的,像基因name等,该值在对应的需要搜索的表格中,即上述提到的表达量的表,注释表,或者其他需要对应的表中,必须是选择区域的**列,如下面所示:

目标基因的信息提供的是gene name,需要调取的是基因的ID,

对应的注释表格,应该将name放到需要的信息gene id的前面才可以使用。


文章分类: 转录组测序