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DNA甲基化测序

DNA甲基化修饰类型

  • 5mc是表观遗传最重要的一种修饰,广泛存在于植物、动物等真核生物基因组中,被誉为“第五碱基”;

  • 5hmc是最新发现的一种修饰碱基,成为哺乳动物的“第六碱基”;

  • 6mA在细菌、藻类及动植物基因组中存在。

    甲基化5mc检测的金标准——Bisulfite Sequencing

    1992年,Frommer et al.将重亚硫酸盐处理结合测序进行DNA甲基化检测。从此,Bisulfite Sequencing(BS)成为金标准方案。其特点是:

  • 单碱基分辨率;

  • 结合测序。


WGBS
RRBS
BSP
6mA
MeDIP
hMeDIP

Whole genome bisulfite sequencing, WGBS

——DNA甲基化检测最有力的工具

  • 单碱基分辨率

  • 全基因组

  • 适合所有有参物种(动植物)

  • 适合各种类型样本(细胞、组织、cfDNA、 FFPE等)

  • 测序30X以上, 成本最高

    发表于Lister et al., 2008

    WGBS 服务项目


    WGBS项目类型服务内容测序数据样本要求周期(日)
    常规样本建库、测序及分析30X>1ug45
    FFPE样本提取、建库、测序及分析90G>1ug45
    cfDNA样本cfDNA提取、微量建库、测序及分析90G4ml血浆或者>10ng45


    项目介绍


    全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合,
    对有参考基因组进行全基因组范围的单碱基分辨率的甲基化测序,是DNA甲基化检测的“金标准”。
    WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。


    技术优势


    DNA甲基化检测最有力的工具

    单碱基分辨率,检测每个C碱基的甲基化状态

    全基因组范围,**限度地获得甲基化信息

    适合所有有参考基因组的物种

    适合各种类型的样本


    科学方案设计


    从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

    每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

    及时高效的沟通;以保障高质量研究成果

    样本要求:基因组DNA: >= 3ug;样品浓度>30 ng/ul;无RNA和蛋白污染

    建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序深度:>=30X


    信息分析


    基于全基因组范围的甲基化分析,数据质控,5mC Calling,

    5mC在基因组、染色体、功能元件上的分布,

    多样本甲基化差异聚类,差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析,

    结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。

    Improved Reduce Representation Bisulfite Sequencing,

强化RRBS——高性价比DNA甲基化检测方案

  • 单碱基分辨率

  • 全基因组范围

  • 富集启动子/CpG岛甲基化调控区域

  • 适合人和哺乳动物、动物及鱼类

  • 适合细胞、全血及新鲜冷冻组织

  • 不适合cfDNA及FFPE等片段化样本

    发表于Meissner et al., 2005

项目介绍


简化基因组甲基化测序 (Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS) 是通过限制性酶切的方法
富集基因组DNA上富含CCGG位点的片段,经Bisulfite处理和高通量测序技术
进行基因组CpG富集区域内的单碱基分辨率的甲基化测序。
相对WGBS而言RRBS技术作为高性价比的甲基化测序方案,
测序量大幅减少,在大规模临床样本研究中具有很不错的应用价值。


技术优势


从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析,

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计;

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果。

信息分析


基于简化基因组范围的甲基化分析,数据质控,5mC Calling,

5mC在基因组、染色体、功能元件上的分布,

多样本甲基化差异聚类,差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。


分析内容


Targeted Bisulfite Sequencing,

高通量BSP——目标位点/基因甲基化验证方案

  • 单碱基分辨率

  • 针对目标序列,非常灵活

  • 适合多种样本类型

  • 应用方向:450K/850K芯片筛选的差异甲基化CpG位点(DMS)

         WGBS/RRBS/MeDIP筛选的差异甲基化区域(DMR)

         目的基因的启动子甲基化检测


    项目介绍


重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。除了全基因组甲基化测序技术等研究手段,对于大样本量甲基化研究来说,更需要灵活、有针对性的技术方案。NGS-BSP方法适合几个到几十个基因或者位点进行大样本甲基化测序或者验证项目,具有更快速的实验周期及低成本优势。


技术优势


高效灵活的目标区域甲基化检测的工具

BSP和高通量测序完美结合,单碱基分辨率

适合几个到几十个位点的大样本验证项目

适合所有动物样本、周期快、检测位点灵活、性价比高


科学方案设计


从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果
BSP流程图.png

样本要求:基因组DNA: >= 1 ug (20个区域/位点);样品浓度>30 ng/ul;无RNA和蛋白污染

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序深度:>100X


信息分析


基于靶向序列的甲基化分析,数据质控,5mC Calling,

5mC在组间样本的可视化,多样本甲基化聚类

与临床样本特征关联分析等


分析内容


项目介绍


N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一,在细菌、藻类及植物基因组中广泛存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DNA片段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找6mA甲基化区域。


技术优势


全基因组范围鉴定6mA甲基化修饰区域

技术方法适合所有物种(一般推荐藻类及植物)


科学方案设计


从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果


样本要求:基因组DNA: >= 5ug;样品浓度>50 ng/ul;无RNA和蛋白污染

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序深度:20-30M Reads

信息分析

基于全基因组范围的6mA分析,数据质控、Peak锋Calling,

Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布,

多样本甲基化差异聚类、DMR鉴定及相关基因的功能分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。

项目介绍


甲基化DNA免疫沉淀测序(Methylated DNA Immunoprecipitation SequencingMeDIP-Seq)是通过5mC特异性抗体富集甲基化的DNA片段,
然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找甲基化区域。可广泛应用于甲基化与疾病关系研究。


技术优势


全基因组范围鉴定甲基化修饰区域

针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域

WGBS技术相比,成本更低


科学方案设计


从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果

样本要求:基因组DNA: >= 3ug;样品浓度>50 ng/ul;无RNA和蛋白污染

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序深度:20-30M clean reads



信息分析


基于全基因组范围的甲基化分析,数据质控,Peak锋Calling,

Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布,

多样本甲基化差异聚类,差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。

分析内容


项目介绍


羟甲基化DNA免疫沉淀测序(Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation SequencinghMeDIP-Seq)是通过5hmC特异性抗体富集羟甲基化的DNA片段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找羟甲基化区域。可广泛应用于羟甲基化与疾病关系研究以及羟甲基化在胚胎发育过程中的研究。


技术优势


从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果

样本要求:基因组DNA: >= 3 ug样品浓度>50 ng/ul;无RNA和蛋白污染

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序深度:20-30M reads



信息分析


基于全基因组范围的羟甲基化分析,数据质控,Peak锋Calling,

Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布,

多样本羟甲基化差异聚类,差异羟甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。

分析内容



DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴,已经越来越受到研究者的关注。近些年来,随着DNA甲基化与组蛋白甲基化的联...
DNA甲基化(DNA methylation)是指在DNA甲基化转移酶(DNMT)催化下,以S-腺苷甲硫氨酸为甲基...
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技术简介:甲基化是表观修饰的重要部分,DNA甲基化可以引起DNA构象、稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从...
产品介绍:羟甲基化DNA免疫沉淀测序(Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitat...
产品介绍:重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。在目标区域/位点的甲基化检测和验证环节,我们首次将BSP...
产品介绍简化基因组甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencin...
技术描述       DNA甲基化对于表观遗传学调控机制的时空特异性研究具有重要意义,因而成为表观遗传学的研究热点。而全基因组水平的甲基化测序被认为是DNA甲基化研究的金标准,具有单碱基的分辨率,覆盖范围广等优势而被广泛应用。      B...
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