ChIPheatmap

基于ChIP-seq和ATAC-seq结果，对ChIP-seq结果聚类绘制热图，并按照ChIP-seq的顺序对ATAC-seq绘制热图。ChIPheatmap可以直观地展示所关注转录因子与靶基因结合情况以及染色质开放情况。一般可应用场景：多组ChIP-seq/ATAC-seq数据，按一种数据的聚类来排序，根据分布中探究成因；只测了一两个样品的ChIP-seq/ATAC-seq，补充相关公共数据。

基本原理：

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是一种研究蛋白质与染色质结合情况的方法。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。

基于转座酶的染色质可进入性测定（Assay for Transposase-AccessibleChromatin，ATAC）是一种用于研究染色质开放程度的技术。ATAC-seq利用DNA转座的特点，结合高通量测序技术，能够高效地在全基因组范围寻找开放的染色质区域。

将ChIP-seq和ATAC-seq结果结合在一起分析，可以从更宏观的角度观察转录因子结合位点区域中染色质开放程度和组蛋白修饰的分布，探究染色质开放程度对转录因子结合影响或相同染色质开放情况下转录因子结合情况。

数据要求：

ChIP-seq测序数据，ATAC-seq测序数据。

下游分析：

对得到的聚类基因进行后续分析：

1.   不同簇基因的功能富集

2.   不同簇基因与性状的相关性分析

图形示例：

1.ChIP-seq聚类热图

图注：上方为平均结合情况峰图，不同颜色代表不同聚类类别。下方热图，每一行代表每一个检测的结合位点，左侧为聚类编号。横坐标表示靶向结合位点上下游3kb区域。

2.ATAC-seq热图

图注：上方为染色质开放平均情况峰图，不同颜色代表不同聚类类别。下方热图，每一行代表每一个检测的位点，左侧为聚类编号。横坐标表示检测位点上下游3kb区域。

应用示例：

文献1：Dynamic EBF1occupancy directs sequential epigenetic and transcriptional events in B-cellprogramming（于2018年1月发表在Genes Dev. ，影响因子3.331）

EBF1动态占据在B细胞中对序列表观遗传和转录过程的影响

该文献对ChIP-seq数据绘制热图，展示了不同时间后EBF1靶向结合位点与EBF1的结合情况及染色质开放情况。

文献2：The pioneerfactor OCT4 requires the chromatin remodeller BRG1 to support gene regulatoryelement function in mouse embryonic stem cells（于2017年3月发表在Elife. ，影响因子7.551）

先驱因子OCT4联合染色质重塑器BRG1来支持小鼠胚胎干细胞中的基因调控元件功能

该文献对ChIP-seq数据绘制热图，展示了24小时处理后OCT4靶向结合位点与OCT4的结合情况及染色质开放情况。