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cfDNA,cell free DNA,就是血液中游离的自身DNA,这些DNA多是从身体的细胞或者白血球破裂释放出来的,基本上都是无害的,不用多久会被自身清理掉。不过值得一提的是,当孕妇怀孕的时候,胎儿的DNA也会同时释放到母亲的血液里头去,这是当前火热的无创唐氏筛查的基础。通过抽取母亲的外周血测序分析其中的游离DNA就可以判断胎儿是否存在整个染色体或者大片段DNA的变异。

有研究已经证实,肿瘤患者外周血中的cfDNA总量,要高于健康人。通过这一点,虽然不能武断的说cfDNA能成为肿瘤标志物,但是cfDNA的含量增多,能起到一个较好的提示作用,作为一个初筛的手段。基于cfDNA的液态活检中,尽管ctDNA在肿瘤诊断中的应用是当下cfDNA最广泛,研究最深入的分支。但是,cfDNA作为液态活检,不只是局限于肿瘤学。例如,有研究报道对于接受器官移植手术的病人,可以通过监测术后外周血中具有捐献者基因特征,片段化的cfDNA含量变化,来评估移植器官的排斥情况。

cfDNABS-Seq送样要求

一、送样类型

分离好的血浆

二、保存方式

分离后的血浆,用1.5/2.0 ml离心管分装,例如:1 ml/管;放-20℃冰箱中保存(短暂保存,1-2周);放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间不能冻融

三、运输条件

干冰运输:顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰。

四、抽血要求

1、使用Streck采血管(不建议使用普通的EDTA-钠抗凝管),采集10ml外周静脉血(客户没有Streck采血管,公司配送);

2、室温或者放置4℃冰箱中半小时以上,不超过8小时,进行血浆分离步骤。

五、血浆分离步骤

1、4条件下以1600g离心10min,离心后将上清(血浆)分装到1.5/2.0ml离心管中;

2、4条件下以16000g离心10min去除残余细胞,将上清移入新的离心管中,每管分装1ml;

3、血浆样本存放于-80冰箱中保存;使用干冰运输, 提取之前不能冻融。

备注1:血浆分离在4条件进行,如果客户没有冷冻离心机,也可以在室温条件下进行;

备注2:离心后取血浆上清,避免吸取白细胞;通常10ml全血可以获得4-5ml血浆。

引言

一、文库构建和测序流程

1、DNA样品检测

2、文库构建

3、文库质检

4、上机测序

二、生物信息分析流程

三、结果展示及说明

0、项目基本信息

0.1项目名称

0.2样本信息

0.3样本差异比较方案

1、测序数据质量评估

1.1原始数据质量评估

1.2原始数据Trimming

1.3Clean reads质量评估

2、数据比对分析

2.1参考基因组比对情况统计

2.2C位点的测序深度和覆盖度统计

2.3cfDNA文库片段大小统计

3、甲基化位点检测及分析

3.1甲基化位点检测

3.2甲基化水平检测可靠性评估

3.3甲基化C位点比例统计

3.4C位点甲基化水平分布

3.5甲基化位点motif识别

3.6甲基化位点IGV可视化

4、全基因组甲基化图谱

4.1全基因组平均甲基化水平

4.2全基因组甲基化水平分布图(circos)

4.3功能区域甲基化水平分布

4.4基因上下游甲基化水平分布

5、样本间(组间)甲基化水平比较分析

5.1基因组功能元件甲基化水平比较

5.2全基因组甲基化水平相关性分析

5.3全基因组甲基化水平主成分分析(PCA)

5.4全基因组甲基化水平聚类分析

6、差异甲基化分析

6.1差异甲基化区域(DMR)检测

6.2DMR结果注释

6.3DMR长度分布

6.4DMR甲基化水平分布

6.5DMR甲基化水平聚类热图

6.6DMR锚定区域分布

6.7DMR区域IGV可视化

6.8DMR显著性circos图

6.9DMR相关基因GO富集分析

6.10DMR相关基因KEGG富集分析

四、附件

附件1、甲基化测序常见问题

附件2、软件列表

附件3、参考文献

早筛技术路线

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