施老师谈CUT&Tag福利来了，科学大神施威扬教授接受小编访谈，给大家讲讲CUT&Tag的前世今生。 重点提示：
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问题一、 施老师，您先给大家讲一下最近很热的CUT&Tag是什么吧？ 答： CUT&Tag一种全新的研究DNA与蛋白相互作用的技术，它可以替代传统的ChIP-seq实验，具体的说，它主要用于研究目标蛋白在染色质上的定位，在基因表达调控等领域是至关重要的。 问题二、 您刚才提到，CUT&Tag技术可以替代ChIP-seq，那么它与ChIP-seq相比有什么革命性突破吗？ 答： CUT&Tag跟ChIP实验有两个关键的区别，**，它省略了免疫沉淀的步骤，所以不再是IP实验了。第二，它使用Tn5转座酶代替传统的超声打断，靶向性更强，实验操作简便，周期短，一天就可以完成。 问题三、 过去ChIP-seq实验确实是一个难度很大的实验，费时费力，CUT&Tag在这方面有什么优势么？您详细介绍一下吧。 答： CUT&Tag与ChIP-seq相比有几个很大的技术提升。**点就是大大提高了信噪比。之前很多ChIP-seq做不出信号的蛋白，用CUT&Tag技术可以得到很好的结合峰。第二点，CUT&Tag技术所用的细胞量很少，几百个细胞就可以得到很好的结果，可以研究稀有样本。最后一个就是CUT&Tag需要的测序量更少，测序成本低。
Chip-seq与Cut&tag数据质量对比图 问题四： CUT&Tag技术有这么多的优势，我们万乘基因可以提供这样的服务吗？ 答： 是的，经过半年的研发，我们形成了稳定的实验体系，可以为客户朋友们提供CUT&Tag技术服务了。而且还有一个好消息，我们研发团队在一个样品中同时检测多个蛋白的结合位点，得到了很好的结果。比如研究一个转录因子和一个组蛋白在染色体的定位，在一个样品中就可以实现，不需要准备多个样品。 问题五： 在一个样品中同时研究多个蛋白的结合位点这个真是一个大突破，可以节省很多样品准备的困扰。那在同一个样品当中还可以获得其他组学的信息吗？ 答： 这是完全可行的，我们研发团队目前已经可以在一个样品同时检测三种组学信息，除了DNA-蛋白的结合位点、还可以获得染色质开放区域和转录组信息，这样我们就可以利用一个样品对这些信息进行多组学联合分析，之前困扰大家的样品间差异问题就迎刃而解了。 问题六： 那真是太厉害了，现在这些多组学只是在bulk水平进行，作为一家单细胞研究领域的公司，万乘基因可以在单细胞水平进行CUT & Tag实验吗？ 答： 目前有文章介绍低通量的CUT&Tag单细胞研究，我们万乘基因还在紧锣密鼓的进行研发，预计2020年上半年推出高通量单细胞CUT&Tag服务，实验体系成熟后我们会**时间推出相关服务，敬请期待。 参考文献： Hatice S. Kaya-Okur, Steven J. Wu, KamiAhmad, Steven Henikoff et al. CUT&Tag for efficient epigenomics profillingof small sampoles and single cells. NATURE COMMUNICATIONS, 2019 |
