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细菌基因组测序项目

产品介绍:

细菌基因组测序,可分为细菌基因组扫描、细菌基因组完成图和细菌基因组重测序。

细菌基因组扫描,即通过高通量测序技术,对已有参考基因组或无参的细菌样本进行测序,获得细菌基因组框架图的研究。并可基于细菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。

细菌基因组完成图测序,即从头测序是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个细菌物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼装,从而获得该细菌物种的基因组序列。并可基于细菌基因组完成图开展基因功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。

细菌基因组重测序,基于已知参考基因组的细菌物种进行高通量测序研究,一般重点关注基因组变异(SNPInDel等)情况,亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失(InDel, Insertion/Deletion)、结构变异(Structure VariationSV)等变异信息。

细菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制,已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。

技术优势:

细菌基因组完成图项目,业内率先提出0N0gap交付指标,并可实现多质粒细菌的质粒基因组研究、针对多质粒、异常GC含量及较大(genome size >=6Mb)的细菌基因组提供高水平交付,并可提供比较基因组学、泛基因组学等多层次深入研究个性化解决方案,是您细菌基因组研究的不二之选。


技术策略:


细菌基因组扫描/重测序

细菌基因组完成图

测序

策略

    Illumina PE150 1Gb

    Illumina PE150 2Gb+ 三代(50x)

结果

特点

 可获得基因组草图并开展多数据库注释、

 比较基因组等研究。

   GC%正常范围(35%~65%)的细菌基因组,实现0N0gap技术指标;可交付菌体中的

 质粒基因组;

 可承接GC含量异常、较大(6M以上)细菌基因组及链霉菌等较高研究难度的项目。



技术流程:

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细菌基因组扫描项目分析流程

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细菌基因组精细图项目分析流程



送样要求:

Total DNA20 μg;浓度≥20 ng/μL ;纯度OD260/2801.8-2.0之间

DNA完整无降解,无RNA、蛋白质、多糖等污染。


分析示例:

细菌基因组圈图   多质粒基因组圈图

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病原-宿主互做注释:

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GI岛预测:

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比较基因组直系同源基因venn图:

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系统进化树构建:

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cgMLST菌株高精度分型及群体进化分析

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比较基因组群体共线性分析:

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项目经验(部分客户文章):

1. Emergence of plasmid-mediated oxazolidinone resistance gene poxtA from CC17 Enterococcus faecium of pig origin.Journal of Antimicrobial Chemotherapy (IF=5.113), 2019.

2. An angular dioxygenase gene cluster responsible for the initial phenazine -1- carboxylic acid degradation step in Rhodococcus sp. WH99 can protect sensitive organisms from toxicity. Science of the Total Environment (IF=5.589), 2019.

3. Characterization of a Linezolid- and Vancomycin-Resistant Streptococcus suis Isolate That Harbors optrA and vanG Operons. Frontier in Microbiology(IF=4.259), 2019.

4. Biosynthesis of ilamycins featuring unusual building blocks and engineered production of enhanced anti-tuberculosis agents. Nature Communications (IF=12.353), 2017.

5. Deciphering the sugar biosynthetic pathway and tailoring steps of nucleoside antibiotic A201A unveils a GDP-L-galactose mutase. PNAS (IF=9.423), 2017.