Agilent 甲基化芯片通过SurePrint芯片合成专利技术，结合优化的探针设计及实验方法，可灵活进行甲基化研究，得到高灵敏度、高特异性、高重复性的结果。
技术流程：
1. 将基因组DNA超声打断成400-500bpDNA片段；
2. 加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份；
3. 其中一份单链DNA样品加入抗5'-甲基化胞嘧啶核苷抗体。使用免疫磁珠法分离样品中甲基化DNA片段的抗体复合物，样品中其余的非甲基化DNA片段被洗脱；
4. 纯化免疫共沉淀的DNA片段；对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记；
5. 标记后的MeDIP与Input样品混合、变性，与芯片杂交；
6. 检测杂交信号并进行数据分析。
芯片种类：
Agilent 肿瘤甲基化芯片，8x60K
● 和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片。
● 绝大多数基因是针对基因启动子区域的CpG岛设计探针。
● 芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因，其中2128个和肿瘤发生有关系。
● 从功能上分，有256基因和细胞凋亡有关，1273个基因和信号传导有关，487个基因和压力和衰老有关。
● 特别适用于癌症甲基化研究。
案例分析：
用Agilent定制甲基化芯片和表达谱芯片共同筛选乳腺癌患者的高甲基化基因，并探讨甲基化与基因表达的关系
为了寻找乳腺癌早期诊断的甲基化标记基因，探讨基因甲基化水平与基因表达量之间的关系，科研者使用甲基化芯片和表达谱芯片进行了相关研究。研究中，甲基化程度检测使用BSP法和COBRA分析，基因表达水平检测用RT-PCR。结果，在乳腺癌患者中检测到70对高度甲基化差异显著的基因，表达谱芯片分析结果显示在乳腺癌患者中这70个基因大部分不表达；RT-PCR结果也显示大部分基因表达量很低甚至不表达。这种研究策略，能够直观方便的筛查患者甲基化基因，有效地寻找乳腺癌标记基因，对研究甲基化基因调控基因表达提供研究基础。
原文：Screening of significantly hypermethylated genes in breast cancer using microarray-based methylated-CpG island recovery assay and identification of their expression levels. Int J Oncology. 2012
乳腺癌样本和正常样本甲基化差异
