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Affymetrix基因分型常见问题解答

1.昂飞的定制芯片有最小起订量要求吗?如果有,最小起订量是多少?

答:昂飞的MyDesign定制芯片有最小起订量要求,最小起订量为480样品,如果客户的样品量小于480个样品的话,我们按照480个样品的总量收费。


2.定制芯片需要客户提供什么信息?

答:客户需要提供所感兴趣的位点的信息,位点信息按照以下方式提供:


位点编号(如rs12693932);如果是没有编号的位点(例如客户自己测序结果中的denovo mutation),需要客户提供位点的突变类型和上下游序列,上下游序列不少于30bp。


3.华大能提供昂飞GeneChip(例如GenomeWide 6.0芯片)的分型服务吗?

答:华大使用的是昂飞公司的最新分型平台GeneTitan自动分析仪,此平台仅适用于Axiom芯片,GeneChip系列无法应用于此平台。但是Axiom芯片种类繁多,可以替代GeneChip。


4.Axiom芯片与GeneChip相比有什么优势?

答:Axiom芯片的工作原理与老式的GeneChip完全不一样,这种改进的工作流程可以大大降低信噪比,增加实验的灵敏度与严谨性。同时,GeneTitan平台的自动化流程能够将实验误差降低到最小。


半定制的Axiom芯片能够在原芯片的基础上添加客户感兴趣的位点,大大优化了疾病研究或群体研究的位点覆盖,这些位点可以是客户已有的,也可以选自Axiom基因组数据库。


5.FFPE样品可以用于Axiom芯片分型实验吗?

答:FFPE样品目前无法用于Axiom芯片。


6.昂飞的芯片能分析CNV吗?

答:昂飞的Axiom系列芯片没有设计用于检测CNV的探针,因此无法检测CNV。如果老师想检测CNV的话,可以考虑用illumina的芯片或者全基因组测序等其他方法代替。


7.昂飞的芯片分型平台能对多倍体物种进行分型吗?

答:是的,昂飞的芯片可以对多倍体物种进行分型,昂飞芯片已经应用于多个多倍体物种的基因分型项目,并获得了很好的结果。


文章分类: SNP检测