快递查询
测试调用测试设计Survival生存曲线绘制软件环境微生物多样性软件转录组分析软件转录组软件购买重测序软件环境微生物多样性软件(1)桌面软件中药空间代谢组学检测中药非靶代谢组检测中药入血/入靶成分分析中药成分鉴定检测中药组学ATAC-seqCHIP-seqHi-C测序基因调控OmicsBeanMicrobe Trakr(微生物基因组鉴定分析工具)网页分析系统WEB分析系统澳洲血清 BovineBD科研管KAPAQIAGENThermoFisherMVE液氮罐4titude® 样品管标记系统Hi-C建库试剂盒及基因组组装软件无血清细胞冻存液Cell Freezing Medium纳米流式检测仪lexogen支原体检测试剂盒仪器试剂耗材数据库开发数据中心TCGA生存数据包功能医学报告系统开发PlantArray植物生理组平台特色服务单细胞测序空间代谢组DSP空间蛋白质组Visium空间转录组测序空间多组学类器官基因芯片染色体级别基因组组装Hi-C建库叶绿体、线粒体基因组测序一代测序动植物基因组de novo测序细菌基因组测序真菌基因组测序病毒基因组测序简化基因组遗传图谱测序简化基因组GWAS测序基因组重测序表观组基因分型外显子捕获目标区域捕获简化基因组遗传图谱性状定位扫描图DNA中5-hmC图谱测定全基因组甲基化测序真菌基因组扫描图测序epiGBS-简化甲基化BSA混池测序基因组SSR开发基因组(DNA)UMI-RNAseq转录组测序真核有参转录组测序真核无参转录组测序原核链特异性转录组测序全转录组测序 降解组表达谱芯片circRNA芯片circRNA测序Small RNA测序Lnc RNA测序m6A甲基化测序互作转录组测序UMI-RNAseq转录组(RNA)16S扩增子全长测序Meta-Barcoding(eDNA)技术研究微生物多样性测序宏基因组测序宏基因组Binning分析宏基因组抗性基因测序HiC-Meta宏基因组宏转录组差异表达测序宏病毒组测序环境DNAHiFi-Meta宏基因组肠道菌群临床检测基于肠道菌群检测和移植的肠道微生态学科建设宏基因组元素循环测序微生物组蛋白组代谢组抗体芯片Raybiotech芯片蛋白芯片蛋白芯片ENGINE-生物标志物检测服务ENGINE-抗体特异性服务4D蛋白质组Raybiotech芯片OLINK精准蛋白质组学解决方案常规定量蛋白质组蛋白质组定性分析靶向蛋白质组学修饰蛋白质组学非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学新一代代谢组学 NGM ProLenioBio无细胞蛋白表达系统蛋白和代谢组GC-MS全代谢组LC-MS全代谢组靶向代谢组脂质组学代谢组学反向色谱柱原理的DNA/RNA提取技术分子生物学CRISPR基因编辑细胞定制细胞株构建iPS构建CRISPR/Cas9DNA甲基化修饰细胞FAQ基因编辑切片图像扫描组织芯片免疫组化微量基因组建库专家病理切片数字存档多色免疫荧光组织透明化技术服务病理形态学数据陪护扩增子时序分析基因突变体克隆动物中心小动物疾病模型构建和检测服务基因编辑小鼠动物实验支原体污染检测服务细胞系遗传背景鉴定细胞系鉴定外泌体全转录组测序外泌体分离与鉴定单外泌体邻近编码技术单外泌体蛋白质组学分析服务外泌体免疫相关文献外泌体专题甲基化焦磷酸测序cfDNA甲基化测序DNA甲基化测序850K甲基化芯片935K甲基化芯片全基因组甲基化测序(WGBS)简化基因组甲基化测序 (RRBS)目标区域甲基化测序 (Targeted Bisulfite Sequencing)甲基化DNA免疫沉淀测序 (MeDIP-seq)氧化-重亚硫酸盐测序 (oxBS-seq)TET-重亚硫酸盐测序(TAB-seq)5hmC-Seal,超高灵敏度的羟甲基化检测羟甲基化免疫共沉淀测序 (hMeDIP-seq)DNA 6mA免疫沉淀测序 (6mA-IP Seq)甲基化专题RNA修饰研究专题免疫印迹(Western-blot)技术服务定量Western检测Simoa单分子免疫分析qPCRCNVSNPPGM测序PCR array数字PCR精准检测ATAC-SeqChIP-SeqRIP-Seq基因调控Ribo-seq核糖体印迹测序技术Active Ribo-seq活跃翻译组测序技术翻译组10x官方发布样本准备样本要求样本取材以及样本编号技巧精简版细胞库组织库动物模型蛋白组代谢组Hi-C单细胞与空间转录组单细胞悬液外泌体Raybiotech蛋白芯片Simoa样本准备样本准备要求表单留言板SaaS 帮助搜索Mac谷歌浏览器2019国自然基金查询生信相关工具集合数据分析项目信息单提交资料分享核酸抽提产品资料转录组软件教学视频微生物多样性软件教学视频Lexogen产品培训视频Olink精准蛋白组学专题项目进度个人中心会员登录会员注册购物车联系我们公众号手机商城公司愿景知识分享
当前位置
935K甲基化芯片

甲基化在维持正常细胞功能、遗传印记、X染色体失活、胚胎发育、衰老以及疾病的发生起着极其重要的作用。近日,Illumina推出了 Infinium Methylation EPIC v2.0(Illumina 935K甲基化芯片),该产品是Illumina Methylation EPIC v1.0(illumina 850K甲基化芯片)的升级版本,该芯片包括超过935,000个CpG位点,**限度地兼容Illumina 850K甲基化芯片的情况下,935K甲基化芯片在原850K甲基化芯片的基础上经过评估,将850K甲基化芯片中性能较差的探针移除和替换。同时增加了186000个CpG位点,包含靶向增强子、超级增强子、CTCF结合位点、CNV检测区域以及850K甲基化芯片上未充分覆盖的CpG岛和常见的癌症驱动突变。此外,935K甲基化芯片还增加了经ATAC-Seq和ChIP-Seq实验鉴定的染色质开放区域,同时注释基因版本从HG19更新到HG38以及GenoCode数据库的更新,该款芯片不仅是适合筛选分子标志物的一款芯片,同时也是一款适合复杂疾病基因组关联分析研究的(EWAS)的最新款甲基化芯片。


我们用细胞系样本进行实验,每一株细胞系进行4重复,用于检测Illumina 935K甲基化芯片的稳定性,从illumina平台质控数据、以及差异分析等多方面验证这款新产品的适用性以及公司检测的稳定性。



基于甲基化芯片平台进行差异分析


基于批次校正之后的矩阵表,基于ChAMP包的champ.DMP函数进行差异甲基化位点DMP分析,配对样本使用等方差双尾配对t检验。对于计算结果的p值,使用Benjamini & Hochberg 方法进行多重假设检验,减少假阳性。我们主要基于差异甲基化位点的染色体分布图、散点图、火山图、热图以及TSS上下游甲基化分布图来展示差异位点。


将差异甲基化位点在各染色体上进行展示。展示形式上考虑了探针的疏密程度。图中黄色点和蓝色点分别代表Δβ>0和Δβ<0的CpGs,峰越高代表Δβ值越大,峰越宽代表该区段差异的甲基化位点越多。


图片



差异甲基化位点在火山图上的展示,散点图用于展示组间的差异CpGs。图中横纵坐标分别代表control和case组,左上方红色位点代表高甲基化的位点,右下方红色位点代表低甲基化的位点。


图片



火山图用于展示组间差异CpGs的Δβ和显著程度,图中横坐标为Δβ值,纵坐标为P值或adj.P值的负对数。图中右上区域和左上区域分别代表红色点代表高甲基化位点和绿色位点代表低甲基化的位点且具有统计学差异的位点。


图片



  热图用于查看组间和组内样本相似程度。我们挑选差异甲基化位点进行绘制热图,下图左展示是使用β值直接进行绘图的热图结果,下图右展示使用z-score标化后绘制热图结果。


图片



  TSS上下游甲基化分布图。我们提取差异甲基化位点相关信息,分析转录起始位点TSS上下游5kb的组间甲基化差异。


图片