测试调用测试设计Survival生存曲线绘制软件环境微生物多样性软件转录组分析软件转录组软件购买重测序软件环境微生物多样性软件(1)桌面软件中药空间代谢组学检测中药非靶代谢组检测中药活性成分鉴定中药入血/入靶成分分析中药组学ATAC-seqCHIP-seqHi-C测序基因调控OmicsBeanMicrobe Trakr(微生物基因组鉴定分析工具)网页分析系统WEB分析系统澳洲血清 BovineBD科研管KAPAQIAGENThermoFisherMVE液氮罐4titude® 样品管标记系统Hi-C建库试剂盒及基因组组装软件无血清细胞冻存液Cell Freezing Medium纳米流式检测仪lexogen支原体检测试剂盒仪器试剂耗材数据库开发数据中心TCGA生存数据包功能医学报告系统开发PlantArray植物生理组平台特色服务单细胞测序空间转录组测序空间代谢组DSP空间蛋白质组FFPE石蜡包埋组织单细胞转录组解决方案:10×Flex空间多组学类器官叶绿体、线粒体基因组测序染色体级别基因组组装Hi-C建库基因芯片一代测序动植物基因组de novo测序细菌基因组测序真菌基因组测序病毒基因组测序简化基因组遗传图谱测序简化基因组GWAS测序基因组重测序表观组基因分型外显子捕获目标区域捕获简化基因组遗传图谱性状定位扫描图DNA中5-hmC图谱测定全基因组甲基化测序真菌基因组扫描图测序epiGBS-简化甲基化BSA混池测序基因组SSR开发基因组(DNA)UMI-RNAseq转录组测序真核有参转录组测序真核无参转录组测序原核链特异性转录组测序全转录组测序circRNA测序Lnc RNA测序Small RNA测序circRNA芯片表达谱芯片m6A甲基化测序互作转录组测序降解组测序UMI-RNAseqSLAM-seq测序(RNA代谢测序)转录组(RNA)三代全长扩增子Meta-Barcoding(eDNA)技术研究微生物多样性二代测序宏基因组测序宏基因组Binning分析宏基因组抗性基因测序HiC-Meta宏基因组宏转录组差异表达测序宏病毒组测序环境DNAHiFi-Meta宏基因组肠道菌群临床检测基于肠道菌群检测和移植的肠道微生态学科建设宏基因组元素循环测序三代宏基因组宏基因组免疫球蛋白测序(Mig-seq)肠道宏基因组绝对定量医学宏病毒组测序微生物组蛋白组代谢组抗体芯片Raybiotech芯片蛋白芯片蛋白芯片中药代谢组ENGINE-生物标志物检测服务ENGINE-抗体特异性服务4D蛋白质组Raybiotech芯片OLINK精准蛋白质组学解决方案常规定量蛋白质组蛋白质组定性分析靶向蛋白质组学修饰蛋白质组学非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学新一代代谢组学 NGM ProLenioBio无细胞蛋白表达系统ALAMAR超灵敏蛋白组学及蛋白标志物转化平台超高深度血液蛋白质组蛋白和代谢组GC-MS全代谢组LC-MS全代谢组靶向代谢组脂质组学代谢组学反向色谱柱原理的DNA/RNA提取技术分子生物学CRISPR基因编辑细胞定制细胞株构建iPS构建CRISPR/Cas9DNA甲基化修饰细胞FAQ基因编辑切片图像扫描组织芯片免疫组化微量基因组建库专家病理切片数字存档多色免疫荧光组织透明化技术服务病理形态学数据陪护扩增子时序分析基因突变体克隆动物中心小动物疾病模型构建和检测服务基因编辑小鼠动物实验支原体污染检测服务细胞系遗传背景鉴定细胞系鉴定外泌体全转录组测序外泌体分离与鉴定PBA单外泌体邻近编码技术PBA单外泌体蛋白质组学分析服务PBA单外泌体蛋白组样本指南PBA外泌体免疫相关文献外泌体专题甲基化APOBEC偶联甲基化测序ACE-seq焦磷酸测序cfDNA甲基化测序DNA甲基化测序850K甲基化芯片935K甲基化芯片全基因组甲基化测序(WGBS)简化基因组甲基化测序 (RRBS)目标区域甲基化测序 (Targeted Bisulfite Sequencing)甲基化DNA免疫沉淀测序 (MeDIP-seq)氧化-重亚硫酸盐测序 (oxBS-seq)TET-重亚硫酸盐测序(TAB-seq)5hmC-Seal,超高灵敏度的羟甲基化检测羟甲基化免疫共沉淀测序 (hMeDIP-seq)DNA 6mA免疫沉淀测序 (6mA-IP Seq)甲基化专题RNA修饰研究专题免疫印迹(Western-blot)技术服务定量Western检测Simoa单分子免疫分析qPCRCNVSNPPGM测序PCR array数字PCR精准检测ATAC-SeqChIP-SeqRIP-Seq基因调控Ribo-seq核糖体印迹测序技术Active Ribo-seq活跃翻译组测序技术翻译组数据分析数据库构建数据价值提升10x官方发布样本准备样本要求样本取材以及样本编号技巧精简版细胞库组织库动物模型转录组样本准备蛋白组样本准备代谢组样本准备Hi-C单细胞与空间转录组单细胞悬液外泌体Raybiotech蛋白芯片Simoa样本准备PBA单外泌体样本准备ASA基因分型芯片样本准备NULISA超灵敏蛋白组样本准备Olink 精准蛋白组样品准备CyTOF质谱流式样本准备样本准备要求表单留言板SaaS 帮助搜索Mac谷歌浏览器2019国自然基金查询生信相关工具集合数据分析项目信息单提交资料分享核酸抽提产品资料转录组软件教学视频微生物多样性软件教学视频Lexogen产品培训视频Olink精准蛋白组学专题在线学习空间转录组文献PBA单外泌体蛋白组文献NULISA微量蛋白检测文献OLINK精准蛋白组文献项目进度个人中心会员登录会员注册购物车联系我们公众号手机商城公司愿景知识分享文献展示
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三代全长扩增子

微生物是一群以分解代谢为主的生物类群,其生物活性十分丰富。16S rDNA基因测序已经成为当前解析原核微生物群落组成及其分布的重要手段。既往研究中,受限于NGS的读长,物种鉴定存在很多不确定性。伴随着三代测序技术的发展,长度长测序技术越来越成为组学研究的主流。Pacbio平台3-5kb的平均读长可以轻而易举地覆盖16s rDNA9个高变区域,获得的序列更长,信息量也更多!16s rDNA全长测序因此成为多样性研究的新热点技术。

基于三代PacBio高通量技术对微生物16S rDNA(真菌ITS、真核生物18S rRNA)全长序列进行测序,物种能够鉴定到“种”水平,同时对样品中的优势物种、稀有物种以及一些未知的物种进行检测,获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。此外,还推出个性化分析服务,如:筛选微生态系统中的关键菌种、微生物群落变化的动态监测、微生物群落共生网络关系等多项个性化分析服务,为您的科研成果锦上添花。


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技术优势


1基于三代测序,在同一分类水平下,也可以实现更多的物种分类,更是在种水平物种鉴定中实现了大幅提升,这一点就很大程度满足了微生物学研究者的迫切需求。

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16s V4区与全长分类鉴定结果比较

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16s不同V区与全长未分类序列占比比较

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16s不同V区与全长未分类序列进化树比较


2基于三代技术开展16s全长扩增子研究,有更多的序列得到了明确的物种划分,尤其是针对样本中含量低微的物种,分类鉴定的效果更好。

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样本中微量物种的分类识别情况和偏好性16s二代和三代比较


3由于二代测序建库过程中有PCR扩增的步骤,难以避免由于扩增偏好性造成的物种丰度检测的偏差,可能造成某些特定微生物类群含量的检测偏差,这就难以实现对样本中微生物群落分布的真实还原。而三代测序由于不需要PCR的过程,就很大程度上降低了结果的偏差

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16s V4区与全长对物种偏好性比较


4通过聚类OTU,并与模拟物种库进行比较,V1-V9区研究实现了对样本的更真实还原,物种的识别和定量是最接近模拟物种库原貌的,这一点说明了基于三代平台的16s全长测序在保真效果上的巨大优势

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16s不同V区与全长与模拟物种库进行比较


5利用三代16s全长扩增子测序技术可以清晰的获得菌株在16s全长范围内的单核苷酸变异信息。利用这样的信息,可以更好地对菌株实现区分物种可实现“种”水平分类,结果更加准确

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技术流程


PacBio测序(扩增子全长测序):

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内容

项目

引物名称

序列

扩增产物长度

全长

16S全长

27F

5′-AGRGTTTGATYNTGGCTCAG-3′

1.5K

1492R

5′-TASGGHTACCTTGTTASGACTT-3′

18S全长

EukA

5′-AACCTGGTTGATCCTGCCAGT-3′

1.8K

EukB

5′-GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC-3

ITS全长

ITS1

5′- CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3′

0.6-0.7K

ITS4

5′- TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′




分析流程


三代全长扩增子流程图.png


送样要求



样本类型1:环境样本(请使用干冰或者冰袋运送)

1)土壤≥5g

2)粪便≥2g

样本类型2DNA样品(请使用干冰或者冰袋运送)

1DNA总量1ug

2)浓度20ng/ul




分析示例



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